三调的设施农用地被认定为违建，可能涉及以下几个方面的原因：
未依法办理用地审批手续：
- 根据相关法律法规，设施农用地的建设需要依法办理用地审批手续。如果在三调过程中，发现设施农用地未经审批或者审批手续不合法，那么该用地就可能被认定为违建。这是因为合法的用地审批是确保土地使用合规性的重要环节，未经审批或审批不合法的用地，自然无法获得合法地位。
超出设施农用地范围或改变用途：
- 设施农用地有其特定的使用范围和用途，如用于农业生产设施、附属设施以及配套设施的建设。如果在三调中发现，设施农用地被超出了其原本的使用范围，或者被改变了用途（如用于非农业建设），那么该用地就可能被视为违建。这是因为改变土地用途或超出使用范围，都违反了土地管理的相关规定。
不符合土地利用总体规划和城乡规划：
- 土地利用总体规划和城乡规划是指导土地合理利用和城乡发展的重要依据。如果设施农用地的建设不符合这些规划的要求，那么在三调中就可能被认定为违建。例如，如果设施农用地被建设在了规划为生态保护、公共设施用地等非农业用地的区域，或者其建设规模、布局等不符合规划要求，都可能导致其被认定为违建。
存在违法建设行为：
- 在设施农用地的建设过程中，如果存在违法建设行为，如未经批准擅自建设、未按照批准的内容和规模进行建设等，那么该用地在三调中也可能被认定为违建。这是因为违法建设行为直接违反了土地管理和城乡规划的相关法律法规，必须受到相应的法律制裁。
针对以上情况，我给出以下建议：
- 如果您的设施农用地被认定为违建，首先应当了解具体的认定原因和依据。这有助于您有针对性地采取措施进行整改或申诉。
- 如果是因为未依法办理用地审批手续而被认定为违建，那么您应当尽快补办相关手续，确保用地的合法性。
- 如果是因为超出设施农用地范围或改变用途而被认定为违建，那么您应当考虑调整用地规划或恢复其原本的使用用途。
- 如果是因为不符合土地利用总体规划和城乡规划而被认定为违建，那么您可能需要与相关部门进行沟通协商，寻求合理的解决方案。
- 在整个过程中，建议您保持与相关部门的良好沟通，积极配合整改工作，以避免因违建问题而带来的不必要的法律风险和经济损失。
最后，需要强调的是，土地管理和城乡规划是关系到国家长远发展和人民切身利益的重要事项。因此，在设施农用地的建设和使用过程中，我们必须严格遵守相关法律法规和规划要求，确保土地的合理利用和城乡的协调发展。如果您在设施农用地方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。