员工三次违反公司制度，用人单位在满足一定条件下可以合法辞退员工，且无需支付经济补偿。不过，能否辞退并非仅取决于违反次数，还需综合考虑公司制度的合法性、违规行为的严重性以及辞退程序的合规性。以下从这几个方面为你详细分析：
一、公司制度的合法性与有效性
制定程序合法：公司的规章制度必须通过民主程序制定，比如经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并向员工公示，确保员工知晓制度内容。常见的公示方式有组织员工培训、在公司内部显著位置张贴、通过公司办公系统发布等。若公司制度未经民主程序制定或未向员工公示，那么该制度可能无法作为辞退员工的合法依据。
内容合法合理：规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，且应合理。例如，过于严苛或不合理的规定（如迟到一次即辞退）可能因不具有法律效力而无法执行。对于“三次违反公司制度即辞退”的规定，也需要评估其合理性和必要性，是否与维持正常生产经营秩序直接相关。
二、违规行为的界定与证据
明确违规界定：公司制度中应清晰明确地界定违规行为及多次违规的具体情形，如旷工三次属于严重违反公司制度，或一个月内累计迟到超过五次等。对于“三次违反公司制度”的具体情形，也需要在制度中明确界定，以便员工知晓并遵守。
证据充分：用人单位必须提供充分的证据证明员工存在多次违反公司制度的行为。证据可以包括考勤记录、工作失误造成损失的相关文件、员工承认违规的书面材料、视频监控等。若证据不足或存在瑕疵，那么辞退决定可能因缺乏事实依据而被认定为违法。
三、辞退的法律依据与程序
法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度时，用人单位可以解除劳动合同。但需要注意的是，“严重违反”并非仅指违反次数，还需考虑违规行为的性质、后果以及对公司的影响等因素。
通知工会：如果公司有工会组织，在辞退员工前应将解除劳动合同的理由通知工会，并研究工会的意见，将处理结果书面通知工会。这是保障员工权益的重要程序，若未履行，可能因程序违法而被认定为违法解除劳动合同。
告知员工：用人单位需向员工出具书面的辞退通知，说明辞退原因是基于其多次违反公司制度，并告知员工享有的相关权利，如申诉权等。辞退通知应明确、具体，并确保员工能够收到并理解。
四、可能面临的法律后果
合法辞退无需赔偿：若公司制度合法、证据充分、程序合规，用人单位辞退多次违反公司制度的员工无需支付经济补偿。这是用人单位依法行使管理权的体现。
违法辞退需赔偿：若用人单位违反法律规定解除劳动合同，如规章制度不合法、证据不足、未通知工会等，则需按照《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。因此，用人单位在辞退员工时应谨慎行事，避免因违法解除而承担不必要的法律责任。
建议：作为用人单位，在辞退多次违反公司制度的员工时，务必确保公司制度的合法性、违规行为的严重性以及辞退程序的合规性。同时，建议用人单位在处理此类问题时，与员工进行充分沟通，尽量通过协商解决问题，以维护劳动关系的和谐稳定。若你作为员工面临此类情况，或作为用人单位需要处理此类问题，均可直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。