宅基地使用权中持有人死亡，共有人可以作为民事主体起诉被侵占的宅基地，但需根据具体情况进行详细分析。以下是从不同角度进行的全面解答：
一、共有人作为民事主体的资格
共有人身份确认：
- 在宅基地使用权中，若持有人死亡，其共有人（如配偶、子女等）通常继承该宅基地的使用权，成为新的权利人。这些共有人作为宅基地的合法使用者，享有相应的民事权益。
民事主体资格：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，公民、法人和其他组织可以作为民事诉讼的当事人。共有人作为宅基地的合法使用者，自然具备作为民事主体的资格，有权提起诉讼。
二、起诉被侵占宅基地的条件
权属证明：
- 共有人需提供宅基地使用证、相关审批文件或继承证明等官方文书，以证明自己对宅基地的合法使用权。这是起诉被侵占宅基地的前提条件。
侵占事实：
- 共有人需收集证据证明宅基地被他人侵占的事实。这些证据可以包括现场照片、视频、证人证言等。证据的充分性和真实性对于诉讼的成功至关重要。
诉讼时效：
- 共有人应在知道或应当知道宅基地被侵占之日起的一定期限内（通常为三年）提起诉讼。超过诉讼时效期间，法院可能不予受理或驳回诉讼请求。
三、起诉被侵占宅基地的流程
尝试协商（可选步骤）：
- 在正式起诉前，共有人可以尝试与侵占方进行友好协商，寻求和平解决纠纷的可能性。虽然这一步并非法定程序，但有助于节约司法资源，并可能促进双方关系的和谐。
收集证据：
- 共有人应积极收集证据，包括证明自己对宅基地合法使用权的文件以及证明侵占行为的材料。这些证据将在诉讼过程中发挥关键作用。
提起诉讼：
- 若协商无果或侵占行为严重，共有人应向有管辖权的人民法院（通常是宅基地所在地的基层人民法院）提起民事诉讼。在起诉状中，共有人需清晰写明原告和被告的基本信息，明确诉讼请求（如要求被告停止侵占、返还宅基地、恢复宅基地原状或赔偿损失等），并详细阐述事实与理由。
法律审理与判决：
- 法院将依法受理案件，并进行公正审理。在审理过程中，法院将依据事实和法律规定，对双方提交的证据进行审查，并最终作出公正判决。如果判决支持共有人的诉讼请求，侵占方将需承担相应的法律责任。
四、特殊情况下的考虑
共有人之间存在争议：
- 如果共有人之间对宅基地的使用权存在争议，应先通过内部协商或法律途径解决争议，明确各自的权利义务后再提起诉讼。
侵占方为共有人之一：
- 如果侵占宅基地的行为人系共有人之一，其他共有人仍可以作为民事主体提起诉讼，要求侵占方停止侵害、返还宅基地或赔偿损失等。
总结与建议：
宅基地使用权中持有人死亡后，共有人作为新的权利人具备作为民事主体的资格，有权起诉被侵占的宅基地。在起诉前，共有人应确认自己的权属证明、收集侵占事实的证据，并尝试与侵占方进行协商。若协商无果，则应积极向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，共有人应提供充分的证据支持自己的诉讼请求，并遵循法律程序进行诉讼。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。