针对国有划拨土地违反超层建设的处理方式，需结合土地管理法规、规划法规及行政处罚程序综合判断，具体处理路径如下：

1. 行政处罚程序：责令整改与罚款

• 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或未按许可证建设（包括超层）的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款。
• 处理逻辑：
  • 超层是否可改正：若超层部分不影响结构安全、消防及相邻权，可通过补办规划手续或拆除超层部分整改；若无法改正（如影响公共利益），则需强制拆除。
  • 罚款计算：以超层部分的建设工程造价为基数，按5%-10%比例罚款，需提供造价审计报告作为依据。

2. 土地使用权处置：收回或限制

• 法律依据：根据《中华人民共和国城市房地产管理法》第五十五条，以划拨方式取得土地使用权的单位，违反规划改变土地用途的，由县级以上人民政府土地管理部门责令交还土地，并处以罚款。
• 处理逻辑：
  • 超层是否改变土地用途：若超层导致建筑功能超出划拨土地原定用途（如将工业用地超层建为住宅），可能触发土地收回程序。
  • 土地收回程序：需经县级以上政府批准，并给予合理补偿（仅限合法部分）；若超层部分无合法手续，则不予补偿。

3. 行政强制执行：拆除与恢复

• 法律依据：根据《行政强制法》第三十五条，行政机关作出强制执行决定前，应催告当事人履行义务；当事人逾期不履行的，可申请法院强制执行。
• 处理逻辑：
  • 拆除范围：仅针对超层部分，需保留合法层数建筑。
  • 恢复原状：拆除后需恢复土地原状，若造成相邻权损害，需承担民事赔偿责任。

4. 刑事责任风险：重大事故罪

• 法律依据：根据《刑法》第一百三十七条，建设单位违反国家规定，降低工程质量标准，造成重大安全事故的，对直接责任人员处五年以下有期徒刑或拘役。
• 处理逻辑：
  • 超层与事故关联性：若超层导致建筑坍塌、人员伤亡等后果，需通过工程质量鉴定确认超层是否为直接原因。
  • 责任主体：包括建设单位、施工单位及直接责任人员，需通过刑事立案程序追究。

5. 合规建议：主动整改与行政和解

• 建议路径：
  1. 立即停工：避免处罚加重（如按日连续罚款）。
  2. 补办手续：向规划部门申请调整规划或补办超层部分许可。
  3. 行政和解：与执法部门协商罚款金额及整改期限，争取从轻处理。
  4. 法律救济：对处罚决定不服的，可在60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼。

结论：国有划拨土地超层建设的处理需以行政处罚为核心，兼顾土地使用权处置与刑事责任风险。建议优先通过补办手续、整改或行政和解降低损失，必要时委托律师介入行政程序或诉讼。如有具体案例细节，可进一步提供材料以便精准分析。