针对您提出的“办了乡村规划许可证但超占地面积和超层怎么处罚”的问题，以下是根据相关法律法规及政策给出的详细解答：
首先，需要明确的是，根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，建设单位或个人应当严格按照乡村规划许可证的规定进行建设。若超出许可的占地面积或建筑高度，即构成违法行为，将面临相应的处罚。
一、处罚原则
对于超出乡村规划许可证规定的占地面积或建筑高度的行为，处罚原则主要依据违法行为的性质、情节以及对规划实施的影响程度来确定。
二、具体处罚措施
责令停止建设：
- 一旦发现超出许可范围的建设行为，相关部门将首先责令建设单位或个人立即停止建设。
限期改正并罚款：
- 若超出的部分尚可采取改正措施消除对规划实施的影响，相关部门将责令限期改正，并处以建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款。这里的“建设工程造价”通常指的是超出许可范围部分的建设成本。
限期拆除或没收：
- 若超出的部分无法采取改正措施消除对规划实施的影响，或者超出的部分严重违反了规划要求（如侵占公共设施用地、影响相邻建筑安全等），相关部门将责令限期拆除。
- 若无法拆除或拆除后会影响主体建筑安全，相关部门将没收实物或者违法收入，并可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
三、特殊情形处理
- 根据衢州市人民政府发布的《关于违反乡村规划违法建筑应当拆除处置的指导意见（试行）》，若建设工程存在不符合国土空间详细规划确定的强制性内容、侵占乡村公共设施用地建造住宅、影响相邻合法建筑安全等严重违法情形，且违法行为人逾期不改正的，应当拆除违法建筑。
四、建议与提醒
- 在进行乡村建设时，务必严格按照乡村规划许可证的规定进行建设，避免超出许可范围。
- 若因特殊原因需要变更规划条件，应及时向相关部门提出申请，并获得批准后方可进行建设。
- 若已发生超出许可范围的建设行为，应尽快与相关部门沟通，了解具体的处罚措施和整改要求，并积极配合整改工作。
综上所述，对于超出乡村规划许可证规定的占地面积或建筑高度的行为，将面临责令停止建设、限期改正并罚款、限期拆除或没收等处罚措施。因此，在进行乡村建设时，请务必遵守相关法律法规和规划要求，确保建设的合法性和合规性。