针对您提出的“扣除全勤奖达不到最低工资标准合法吗”这一问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，我们需要明确全勤奖的性质。全勤奖通常是用人单位为了提升员工忠诚度与凝聚力而设定的额外激励措施，它并不属于员工的固定薪资范畴。如果用人单位有明确规定，员工未能满足全勤要求将无法享受全勤奖金的发放待遇，并且这一条款在员工入职时或实施奖励政策期间已经清晰公示，那么用人单位拒绝发放全勤奖金是合法的。

然而，关键在于基本工资的支付。根据《中华人民共和国劳动合同法》以及《工资支付暂行规定》的相关规定，用人单位必须严格按照劳动合同的约定或国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬，且劳动报酬不得低于当地最低工资标准。这意味着，即使员工未能达到全勤标准，用人单位也不能因此扣减其基本工资，导致员工的实际收入低于最低工资标准。

如果用人单位因为扣除全勤奖而导致员工的实际工资低于当地最低工资标准，那么这种做法就是违法的。在这种情况下，劳动行政部门有权责令用人单位限期支付劳动报酬的差额部分，并可能要求用人单位按应付金额的一定比例向劳动者加付赔偿金。

综上所述，扣除全勤奖本身并不违法，但如果因此导致员工的实际工资低于当地最低工资标准，则用人单位的行为就是违法的。因此，用人单位在制定和执行相关政策时，必须确保员工的实际收入不低于最低工资标准，以维护员工的合法权益。