核心结论：公司用两个公司发工资，裁员时的赔偿需根据两家公司的法律关系及实际用工情况综合判定，具体赔偿方式可能存在差异。以下分情况说明：

1. 两家公司为关联公司，存在混同用工

• 法律关系：若两家公司为母子公司、兄弟公司或存在股权、管理、财务混同（如共用财务、人员、办公场所），且员工实际为两家公司共同提供劳动，可能被认定为“混同用工”。
• 赔偿责任：根据《劳动合同法》及相关司法解释，两家公司需承担连带赔偿责任。即员工可要求任意一家公司支付经济补偿，若一家公司未足额支付，另一家需补足差额。
• 计算方式：经济补偿按员工在两家公司的工作年限合并计算，每满1年支付1个月工资（N），6个月以上不满1年按1年算，不满6个月支付半个月工资。例如，员工在A公司工作3年、B公司工作2年，裁员时应支付5个月工资。

2. 两家公司为独立主体，但存在委托代发工资

• 法律关系：若两家公司为独立法人（如集团内不同子公司），但其中一家受另一家委托代发工资（如通过第三方支付平台），且劳动合同仅与一家公司签订，则用工关系仅存在于签订合同的公司与员工之间。
• 赔偿责任：裁员时，仅签订劳动合同的公司需承担经济补偿责任，代发工资的公司不承担责任。经济补偿计算方式同上，但工作年限仅计算与签订合同公司相关的部分。
• 例外情形：若员工能证明两家公司存在实际用工混同（如同时接受两家公司管理、完成两家公司任务），可能突破合同相对性，要求两家公司连带赔偿。

3. 两家公司为独立主体，且员工分别签订劳动合同

• 法律关系：若员工分别与两家公司签订劳动合同，且为两家公司提供独立劳动（如同时兼任两家公司职务），则两家公司均需独立承担用工责任。
• 赔偿责任：裁员时，需分别计算两家公司的经济补偿。例如，员工在A公司工作2年、B公司工作1年，若两家公司均裁员，则A公司需支付2个月工资，B公司需支付1个月工资，合计3个月工资。
• 注意点：若两家公司存在关联关系，员工可能主张“非全日制用工”或“兼职”关系，但需符合《劳动合同法》中非全日制用工的每日工作时间不超过4小时、每周累计不超过24小时的条件，否则仍可能被认定为全日制用工。

操作建议

1. 固定证据：收集劳动合同、工资发放记录（需显示两家公司名称）、考勤记录、工作邮件、任务分配记录等，证明实际用工关系。
2. 协商优先：与用人单位协商赔偿方案，明确赔偿主体及金额。
3. 申请仲裁：若协商不成，可向劳动仲裁委申请仲裁，主张经济补偿、未休年假工资等权益。
4. 诉讼准备：对仲裁结果不服的，可在15日内向法院起诉。

提示：实践中，公司用两家公司发工资可能涉及避税、规避用工责任等目的，员工需警惕权益受损。如有疑问，可直接向我咨询具体案件处理方案。