关于商品房买卖合同中90天内与90天后的违约金如何计算的问题，这通常取决于合同中的具体约定。以下是一般情况下的分析：
结论前置：
商品房买卖合同中90天内与90天后的违约金计算方式，需根据合同中的具体条款来确定。若合同中明确规定了不同时间段的违约金计算标准，则按合同约定执行；若合同未明确规定，则需根据相关法律法规及司法解释进行裁量。
具体分析：
合同约定明确：
- 如果商品房买卖合同中明确规定了90天内和90天后违约金的计算方式，比如“90天内按日万分之五计算，90天后按日万分之十计算”，那么直接按照合同约定的标准进行计算即可。
合同约定不明确或未约定：
- 如果合同中没有明确规定或约定不明确，那么需要根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规及司法解释来确定违约金的计算方式。
- 在这种情况下，法院或仲裁机构可能会根据违约行为的性质、违约方的过错程度、守约方的实际损失以及合同的履行情况等因素，综合考虑后确定一个合理的违约金数额。
举例说明：
假设商品房买卖合同中约定，若出卖人逾期交房超过90天，买受人可以要求出卖人支付违约金。合同规定90天内的违约金为已付房款的日万分之三，90天后的违约金为已付房款的日万分之五。
- 若出卖人逾期交房80天，则违约金计算为：已付房款 × 0.0003 × 80天。
- 若出卖人逾期交房100天，则前90天的违约金计算为：已付房款 × 0.0003 × 90天；90天后的10天违约金计算为：已付房款 × 0.0005 × 10天。两部分相加即为总违约金。
法律建议：
- 在签订商品房买卖合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于违约金计算方式的约定，确保自己清楚了解并同意相关条款。
- 如遇违约情况，建议及时咨询专业律师，以便根据自己的实际情况和合同约定，采取合适的法律措施维护自己的合法权益。
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