房产证是个人名字后协议给了儿子，法院在一定情况下仍然可以拍卖。具体分析如下：

1. 产权归属与协议效力：首先，房产证上登记的是个人名字，这意味着在法律上，该房产的初始所有权归属于该个人。然而，如果该个人后续通过协议将房产给了儿子，这份协议在双方之间是具有法律效力的，儿子据此可以主张对房产的所有权。

2. 法院拍卖的法律依据：法院拍卖房产通常基于以下几种情况：一是房产所有人涉及债务纠纷，且债权人申请了强制执行；二是房产所有人被判定为刑事犯罪，其财产需要被依法处理；三是其他法律规定的需要拍卖房产的情形。在这些情况下，即使房产已经通过协议转让给了儿子，但如果转让过程未完成法律上的过户手续，或者转让协议存在瑕疵（如无效、可撤销等），法院仍有权对房产进行拍卖。

3. 过户手续的重要性：为了避免房产被法院拍卖的风险，协议双方应当尽快办理房产过户手续，将房产从原所有人名下转移到儿子名下。一旦过户手续完成，儿子将成为房产的合法所有人，法院在未经儿子同意的情况下将无权对房产进行拍卖。

4. 特殊情况下的处理：如果协议转让房产时存在特殊情况，如原所有人涉嫌犯罪或债务纠纷已经发生，那么即使办理了过户手续，法院也可能根据具体情况对房产采取保全措施或进行拍卖。在这种情况下，儿子需要咨询专业律师，了解自身权益并采取相应法律措施。

综上所述，房产证是个人名字后协议给了儿子，并不意味着法院就无权对房产进行拍卖。双方应当尽快办理过户手续，并确保转让协议的合法有效性。如果遇到特殊情况，建议及时向我咨询，以便采取适当的法律措施保护自身权益。