您自行提出离职且工资已全部结清，双方之间无其他争议和纠纷的约定，在一般情况下是有效的，但也存在一些例外情形。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的有效性
根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释(一)》第三十五条，劳动者与用人单位就解除或者终止劳动合同办理相关手续、支付工资报酬等达成的协议，如果不违反法律、行政法规的强制性规定，且不存在欺诈、胁迫或者乘人之危情形的，应当认定有效。因此，在您自行提出离职，且工资已全部结清，双方自愿、平等地达成无其他争议和纠纷的约定时，该约定是有效的。
二、例外情形
尽管上述约定在一般情况下有效，但也存在一些例外情形，可能导致该约定无效或可撤销：
协议内容违反法律法规强制性规定：
- 例如，缴纳社会保险、住房公积金是法律、行政法规规定的强制性义务。即使离职协议中约定了“本人不再以任何理由向任何机构主张权利”，公司仍无法免除补缴的责任。
协议存在欺诈、胁迫或趁人之危情形：
- 如果用人单位在签订离职协议时存在欺诈、胁迫或趁人之危的行为，导致您在违背真实意思的情况下签订了协议，那么该协议是无效的。您需要对此进行举证，如通过录音、录像等形式取证。
协议存在重大误解和显失公平的情形：
- 重大误解指的是一方由于对行为的性质、对方当事人、协议条款内容等错误认识，从而做出了错误的意思表示。显失公平指的是双方权利义务严重不对等。如果协议中的补偿金额与法律赔偿标准相差巨大，且您因对相关法律规定认知不足而签订了协议，那么您可能主张撤销该协议。
协议约定未包含员工主张事项：
- 离职协议中应当将协商好的事项明确列举，如劳动报酬、加班工资、经济补偿等。如果协议约定不清楚，您另行主张协议中未包含的事项时，企业仅以“再无任何争议”提出辩驳可能不被支持。
签订协议后未实际履行：
- 如果协议中包含了员工在约定期限前交接工作、企业在约定期限前支付工资或经济补偿等条款，但企业未在约定期限内履行支付义务，那么您可以通过仲裁或诉讼要求企业支付，并可以另行主张权益赔偿。此时，协议中无争议的约定可能失效。
三、建议
- 在签订离职协议时，务必仔细阅读协议条款，确保协议内容符合您的真实意愿，且不违反法律法规的强制性规定。
- 如果对协议内容存在疑问或不确定，建议咨询专业律师或法律机构，以获取更准确的法律意见。
- 在签订协议后，务必保留好相关证据，如协议原件、支付凭证等，以备不时之需。
如果您在签订离职协议后遇到任何问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。