针对您提出的“员工生病请假三个月提前扣除个人社保部分是否合法”的问题，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确的是，公司不能因员工请三个月病假而提前扣除或停缴其社保。根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位有义务为在职员工按时足额缴纳社会保险费。这里的“在职员工”包括正在请病假的员工，因为病假期间，员工与公司的劳动关系仍然存续。
接下来，我们分析公司提前扣除或停缴社保的违法性：
违法性：公司停缴或提前扣除员工社保的行为，违反了《中华人民共和国社会保险法》的明确规定，属于违法行为。
损害员工权益：停缴社保会损害员工的社保权益，例如影响医保报销、生育保险待遇等。这些权益是员工依法应享有的，公司无权剥夺。
针对这种情况，员工可以采取以下措施：
与公司协商：员工可以先尝试与公司进行协商，要求公司恢复社保缴纳并补缴欠缴的费用。
向劳动监察部门投诉：如果协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理公司的违法行为。
向劳动争议仲裁委员会申请仲裁：员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司恢复社保缴纳并补缴欠缴费用。仲裁结果具有法律效力，公司必须履行。
以具体案例为例，假设某公司员工小许因生病向公司申请了三个月病假。病假期间，公司以小许未正常工作为由，试图提前扣除或停缴其社保。小许得知后，认为公司不应在自己病假期间停缴社保，并与公司进行了协商。如果公司拒绝补缴，小许就可以按照上述措施，向劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
综上所述，公司不能因员工请病假而提前扣除或停缴其社保。员工应了解自己的权益，并在必要时采取法律措施维护自己的合法权益。