结论：因工受伤疗养期是否可以分开休息，需结合具体情况判断，主要取决于医疗机构的诊断建议、用人单位的规章制度以及地方性法规的要求。以下分情况说明：

1. 医疗机构的诊断建议是核心依据

根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。

• 若医疗机构出具的诊断证明中明确建议“分阶段休息”（例如：先休息2周观察，后续根据恢复情况再决定是否继续休息），则疗养期可以分开计算，但需以医疗机构出具的书面证明为准。
  
• 若医疗机构未明确分阶段休息，而是建议“连续休息X个月”，则用人单位通常要求职工连续休息，不得自行拆分疗养期。

2. 用人单位的规章制度需合法合规

• 用人单位可以制定内部规章制度，但不得违反《工伤保险条例》的强制性规定。例如，若单位规定“疗养期必须连续休息，不得拆分”，但医疗机构明确建议分阶段休息，则单位的规定无效，职工有权按医疗建议执行。
  
• 若单位无明确规定，或规定与医疗建议一致，则职工可与单位协商分阶段休息，但需保留医疗机构出具的书面证明作为依据。

3. 地方性法规可能存在特殊规定

部分地区（如广东、江苏）在工伤保险实施办法中，可能对停工留薪期的计算方式有细化规定。例如：

• 广东省规定，停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或情况特殊的，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。
  
• 江苏省规定，停工留薪期应当根据医疗机构出具的诊断证明确定，职工需要暂停工作接受治疗的，实行停工留薪期分类目录管理。
  建议：职工可查询当地工伤保险实施办法，或向当地社保部门咨询具体规定。

4. 实务操作建议

• 保留医疗证据：无论是连续休息还是分阶段休息，均需以医疗机构出具的书面诊断证明、病假建议书等为依据，避免口头沟通。
  
• 与单位协商：若需分阶段休息，应提前与单位人力资源部门沟通，说明医疗建议，并协商休息安排。
  
• 申请劳动能力鉴定：若对停工留薪期有争议（如单位不认可分阶段休息），可向设区的市级劳动能力鉴定委员会申请确认。

总结：因工受伤疗养期是否可以分开休息，需以医疗机构的诊断建议为准，同时结合用人单位的规章制度和地方性法规。若医疗建议支持分阶段休息，职工有权按建议执行，但需保留书面证据，并与单位协商一致。如有争议，可申请劳动能力鉴定确认。

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