关于合同约定乙方支付甲方履约保证金是否可以没收的问题，这主要取决于合同双方是否忠实履行了合同义务。以下是我从不同角度为你进行的分析：
合同履行情况：
- 若乙方严格履行了合同义务：那么甲方应当将履约保证金返还给乙方，或者按照合同约定将其视为价款的一部分。在此情况下，甲方无权没收履约保证金。
- 若乙方未严格履行合同义务：导致合同目的无法实现，那么根据合同约定和法律规定，甲方有权没收履约保证金作为违约赔偿的一部分。这是因为履约保证金本身就是为了确保合同能够顺利履行而设立的一种担保措施。
合同约定与法律规定：
- 合同双方可以在合同中明确约定履约保证金的性质、金额、支付方式、返还条件以及没收情形等。只要这些约定不违反法律法规的强制性规定，就是合法有效的。
- 在我国法律框架下，虽然《民法典》等法律法规没有直接规定履约保证金可以没收，但允许当事人通过合同约定来设定担保措施，包括定金等。而定金在特定情况下（如给付定金的一方不履行债务或履行债务不符合约定）是可以被没收的。因此，履约保证金在性质上类似于定金，其没收情形也可以参照定金的相关规定进行约定。
法律后果与建议：
- 如果合同中明确约定了履约保证金的没收情形，并且乙方确实存在违约行为导致合同目的无法实现，那么甲方没收履约保证金是合法且合理的。
- 但如果合同中没有明确约定履约保证金的没收情形，或者乙方的违约行为并不足以导致合同目的无法实现，那么甲方擅自没收履约保证金可能会构成违约或侵权行为，需要承担相应的法律责任。
- 因此，我建议合同双方在签订合同时应当明确约定履约保证金的性质、金额、支付方式、返还条件以及没收情形等关键条款，以避免后续产生纠纷。
综上所述，合同约定乙方支付甲方履约保证金是否可以没收，主要取决于合同双方是否忠实履行了合同义务以及合同中的具体约定。如果你在合同履行过程中遇到了相关问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。