公司车辆违章扣个人驾驶证是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

从法律责任主体角度

在交通法规中，车辆违章的责任主体是驾驶该车辆的人员，而不是车辆的所有权人（公司）。当公司车辆发生违章行为时，应当由当时驾驶该车辆的驾驶员承担相应的法律责任，包括接受罚款、扣分等处罚措施。驾驶证是个人合法驾驶车辆的凭证，其扣分等处罚应当与个人的驾驶行为直接相关联。公司作为车辆的所有权人，并没有直接驾驶车辆，因此不能因为公司车辆的违章行为而扣个人驾驶证的分。

从交通管理规定角度

交通管理部门在处理车辆违章时，是依据具体的违章行为和驾驶人信息来进行的。例如，如果车辆闯红灯，交通管理部门会记录下闯红灯的时间、地点以及驾驶该车辆的驾驶员信息，然后对该驾驶员进行相应的处罚。公司车辆违章，处罚的对象是当时驾驶车辆的驾驶员，而不是随意找一个与公司有关联的个人来扣驾驶证分。这种做法违反了交通管理规定的公平、公正原则，也与交通管理规定的实际操作流程不符。

从可能的法律后果角度

如果公司车辆违章却扣个人驾驶证，这可能会导致一系列的法律问题。一方面，被扣分的个人可能会因为这种不合理的处罚而遭受经济损失（如需要参加培训、缴纳罚款等），同时也会影响其个人的驾驶信用记录。另一方面，这种行为可能会引发行政复议或者行政诉讼。被扣分的个人有权向交通管理部门提出行政复议申请，要求撤销不合理的处罚决定；如果行政复议结果不满意，还可以向人民法院提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

法律建议：

1. 如果你的驾驶证因为公司车辆违章而被扣分，你可以先与交通管理部门进行沟通，说明情况，要求撤销不合理的处罚决定。
2. 如果沟通无果，你可以按照行政复议的程序，在知道该行政行为之日起六十日内提出行政复议申请。
3. 若对行政复议结果不满意，你还可以在收到行政复议决定书之日起十五日内向人民法院提起行政诉讼。

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