水土保持违法案件的处罚方法主要包括责令停止违法行为、没收违法所得、罚款、限期清理以及加收滞纳金等。具体处罚措施会根据违法行为的性质和情节严重程度而有所不同。

一. 责令停止违法行为与没收违法所得

• 根据《中华人民共和国水土保持法》第四十八条，对于在崩塌、滑坡危险区或者泥石流易发区从事取土、挖砂、采石等可能造成水土流失的活动，县级以上地方人民政府水行政主管部门会责令停止违法行为，并没收违法所得。

二. 罚款

• 个人违法：处一千元以上一万元以下的罚款。
• 单位违法：处二万元以上二十万元以下的罚款。
• 例如，若某施工单位在水土保持方案确定的专门存放地以外的区域倾倒废渣，根据《中华人民共和国水土保持法》第五十五条，将按照倾倒数量处每立方米十元以上二十元以下的罚款。

三. 限期清理

• 对于在水土保持方案确定的专门存放地以外的区域倾倒砂、石、土等废弃物的行为，除了罚款外，还会被责令限期清理。
• 若逾期仍不清理，县级以上地方人民政府水行政主管部门可以指定有清理能力的单位代为清理，所需费用由违法行为人承担。

四. 加收滞纳金

• 对于拒不缴纳或逾期不缴纳水土保持补偿费的，除了责令限期缴纳外，还会自滞纳之日起按日加收滞纳部分万分之五的滞纳金。
• 例如，若某企业逾期不缴纳水土保持补偿费，根据《中华人民共和国水土保持法》第五十七条，将自滞纳之日起按日加收滞纳部分万分之五的滞纳金，并可能处应缴水土保持补偿费三倍以下的罚款。

综上所述，水土保持违法案件的处罚方法多样，旨在通过法律手段保护水土资源，防止水土流失，维护生态环境。如有进一步需要，您可以继续咨询我。