控股公司拿走公司内部员工档案是否合法，需根据具体情况判断，但一般情况下，这种行为可能涉嫌违法。以下从不同角度进行分析：
从员工档案的性质和归属来看：
- 员工档案是记录员工个人信息、工作经历、培训情况、奖惩记录等的重要文件，属于员工的个人隐私和公司的重要资料。
- 除非有明确的法律规定或合同约定，否则控股公司无权擅自拿走公司内部员工档案。
从公司法和劳动法的角度来看：
- 根据《公司法》的相关规定，控股公司虽然对公司有控制权，但并不意味着可以随意干涉或拿走子公司的内部资料，包括员工档案。
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位应当妥善保管员工的档案资料，不得擅自泄露或拿走。如果控股公司拿走员工档案，可能构成对员工隐私权的侵犯，也可能违反劳动法律法规。
从实际操作和后果的角度来看：
- 如果控股公司擅自拿走员工档案，可能导致子公司无法正常进行人事管理、薪酬发放、社保缴纳等工作，影响子公司的正常运营。
- 同时，这种行为也可能引发员工的恐慌和不满，导致员工关系紧张，甚至可能引发劳动纠纷或法律诉讼。
法律建议：
- 如果子公司发现控股公司擅自拿走员工档案，应当立即与控股公司沟通，要求其归还档案，并说明这种行为的违法性和可能带来的后果。
- 如果控股公司拒绝归还或继续这种行为，子公司可以考虑向劳动监察部门投诉或向法院提起诉讼，维护自身的合法权益和员工的隐私权。
可能的法律后果：
- 控股公司擅自拿走员工档案的行为，如果构成对员工隐私权的侵犯或违反劳动法律法规，可能需要承担相应的法律责任，包括赔偿损失、恢复名誉、消除影响等。
- 同时，这种行为也可能对控股公司的声誉和形象造成负面影响，不利于其长期发展。
综上所述，控股公司拿走公司内部员工档案的行为一般不合法，子公司应当积极采取措施维护自身的合法权益和员工的隐私权。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。