在离婚纠纷案件中，询问孩子并做笔录这一行为，其合法性主要取决于询问的方式、目的以及是否遵循了相关法律法规。
首先，从法律层面来看，并没有直接禁止在离婚案件中询问孩子并做笔录。然而，这一行为必须谨慎进行，以确保不侵犯孩子的合法权益，特别是当孩子年龄较小、认知能力有限时。
在实际操作中，如果法官或律师认为有必要了解孩子的意愿或看法，以辅助案件的审理和判决，他们可能会选择询问孩子。但这一过程必须遵循以下原则：
尊重孩子的意愿：如果孩子不愿意被询问或表达意见，应尊重其选择，不得强迫。
保护孩子的隐私：询问过程中应保护孩子的隐私，避免将孩子的个人信息或陈述泄露给无关人员。
考虑孩子的年龄和认知能力：对于年龄较小、认知能力有限的孩子，其陈述可能受到限制或误解，因此法官在审理时会更加谨慎地对待其笔录内容。
与其他证据相互印证：孩子的笔录通常不会单独作为判决的决定性因素，而是会与其他证据（如孩子的日常表现、老师的评价等）相互印证，以确保判决的公正性和合理性。
此外，值得注意的是，虽然询问孩子并做笔录在法律上可能被视为一种合法的调查手段，但具体操作时还需根据案件的具体情况、孩子的年龄和认知能力以及相关法律法规进行综合判断。
综上所述，离婚纠纷案件中询问孩子并做笔录这一行为本身并不违法，但必须谨慎进行，并遵循相关法律法规和原则，以确保不侵犯孩子的合法权益并维护案件的公正审理。