针对您提出的“员工已离职但是实名手机卡公司还在用怎么办”这一问题，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确的是，手机号码作为一种具有通信功能的财产权益，其使用权是受法律保护的。在员工离职后，如果公司仍然在使用该员工的实名手机卡，这可能会引发一系列的法律和合规问题。
从法律角度来看，如果手机号码的原登记户主是公司，那么公司对该号码享有合法的使用权。然而，如果员工在离职前或离职后未经公司同意，擅自将手机号码的使用权人变更登记为自己，或者通信公司在未经公司同意的情况下擅自变更了手机号码的使用权人，那么这种变更登记行为可能是无效的。
针对您当前的情况，我建议您采取以下步骤：
与离职员工沟通：
- 首先，尝试与离职员工进行友好沟通，了解其是否愿意配合将手机号码的使用权人变更回公司。
- 如果员工愿意配合，可以共同前往通信公司办理变更过户手续。
与通信公司协商：
- 如果员工不愿意配合，或者无法联系到员工，您可以与通信公司进行协商。
- 向通信公司说明情况，提供相关证据（如劳动合同、手机号码使用协议等），要求通信公司将手机号码的使用权人变更回公司。
法律途径：
- 如果与通信公司的协商无果，您可以考虑通过法律途径解决争议。
- 可以向当地法院提起诉讼，要求通信公司将手机号码的使用权人变更回公司，并可能要求赔偿因此造成的损失。
预防措施：
- 为了避免类似争议再次发生，建议您在劳动合同或相关合同中明确约定手机号码等权益的归属问题。
- 同时，加强公司内部管理，确保员工在离职时做好手机号码等资产的交接工作。
此外，我还想提醒您注意以下几点：
- 手机号码在当下社会生活中作为验证和识别个人身份的重要手段，与使用人的日常生活密切相关，具有一定的人身属性和人身依附性。因此，在处理此类问题时，需要格外谨慎。
- 如果公司因为使用离职员工的实名手机卡而引发了其他法律纠纷（如侵犯隐私权、名誉权等），公司可能需要承担相应的法律责任。
综上所述，针对您提出的问题，我建议您首先与离职员工和通信公司进行沟通协商，如果无法解决争议，可以考虑通过法律途径解决。同时，加强公司内部管理，预防类似争议再次发生。