小区物业总公司签的合同由分公司入住履行，在法律上是合法的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 分公司与总公司的法律关系：

   • 分公司是总公司的附属机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。
   • 根据《公司法》的相关规定，公司可以设立分公司，并应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。这意味着分公司虽然不具备法人资格，但在法律上是合法存在的，并可以在总公司的授权下开展业务活动。

2. 合同履行的合法性：

   • 总公司签订的物业服务合同，由分公司来履行，并不违反法律规定。因为分公司作为总公司的附属机构，有权在总公司的授权范围内代表总公司进行业务活动。
   • 在这种情况下，虽然合同是由总公司签订的，但实际履行合同的是分公司。只要分公司按照合同约定履行了义务，且没有违反法律规定，那么这种履行方式就是合法的。

3. 诉讼主体的确定：

   • 如果因为合同履行问题发生纠纷，诉讼主体通常是总公司。因为分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。所以，在诉讼中，原告通常会起诉总公司，要求其承担相应的法律责任。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 虽然分公司可以履行总公司签订的合同，但在实际操作中，总公司应当对分公司的履行行为进行监督和管理，确保分公司按照合同约定履行义务。
   • 同时，分公司也应当注意保留相关证据，如履行合同的记录、与业主的沟通记录等，以便在发生纠纷时能够证明自己的履行行为。

综上所述，小区物业总公司签的合同由分公司入住履行，在法律上是合法的。但总公司应当对分公司的履行行为进行监督和管理，确保合同得到妥善履行。如果您在物业合同履行过程中遇到任何问题，或者对相关法律问题有进一步的疑问，欢迎直接向我咨询。