核心前提：司机在开挖机干活时违规操作，老板因此对司机进行了罚款。
针对这一问题，可以从以下几个方面进行分析和回答：
罚款的合法性：
- 首先，需要明确的是，老板是否有权对司机进行罚款。在一般的劳动关系中，除非有明确的规章制度或劳动合同约定，否则老板通常无权直接对员工进行罚款。罚款属于行政处罚的一种，只能由具有行政处罚权的行政机关在法定职权范围内实施。
- 如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了违规操作将受到罚款的处罚，并且该规定经过了民主程序制定、向员工公示或告知，那么老板在符合规定的情况下对司机进行罚款可能是合法的。但即便如此，罚款的金额也应当合理，不能过分高于违规行为所造成的损失。
司机的权益保护：
- 司机如果认为老板的罚款行为不合法或不合理，有权提出异议。司机可以先与老板进行沟通，说明自己的情况，并请求撤销或减少罚款。
- 如果沟通无果，司机可以向当地的劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门介入调查，并维护自己的合法权益。
- 在某些情况下，司机还可以考虑通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的权益。
建议与措施：
- 对于司机而言，最重要的是要遵守公司的规章制度和操作规程，避免违规操作的发生。
- 如果确实发生了违规操作，司机应当积极承认错误，并配合公司进行整改。同时，司机也有权了解罚款的具体依据和金额计算方式，确保罚款的合法性和合理性。
- 对于老板而言，应当建立健全的规章制度和操作规程，并加强对员工的培训和教育，提高员工的安全意识和操作技能。在处理违规操作时，应当遵循合法、合理、公正的原则，避免滥用罚款等处罚措施。
综上所述，老板对司机进行罚款是否合法取决于公司的规章制度或劳动合同是否有明确规定，并且该规定是否经过了民主程序制定、向员工公示或告知。司机如果认为罚款不合法或不合理，有权提出异议并维护自己的合法权益。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。