在计算经济补偿金时，是否应扣除医疗期工资，这一问题在司法实践中确实存在争议，但根据现行法律法规及最高人民法院的相关判决，我们可以得出以下结论：

1. 经济补偿金的计算基数：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条第三款的规定，经济补偿金所对应的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
   • 《劳动合同法实施条例》第27条进一步明确，经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。

2. 医疗期工资是否应纳入计算：

   • 从法律规定来看，并未明确要求剔除医疗期等非正常工作时间的工资。
   • 最高人民法院在(2023)最高法民申2918号案件中明确指出，劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资应作为经济补偿的计算基数，且该平均工资未规定需剔除企业停工、员工病假等特殊情形。
   • 因此，在计算经济补偿金时，医疗期工资应纳入计算范畴。

3. 特殊情况下的处理：

   • 如果劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资低于当地最低工资标准，则应按照当地最低工资标准计算经济补偿金。
   • 这一规定实际上已经考虑到了劳动者可能因病假、停工停产等原因导致收入减少的情况，并设定了最低工资托底，以保障劳动者的基本权益。

4. 司法实践中的争议：

   • 尽管有明确的法律规定和最高人民法院的判决，但在司法实践中，各地法院对于是否剔除医疗期工资仍存在争议。
   • 一些法院可能基于保护劳动者利益的考虑，倾向于剔除医疗期工资；而另一些法院则可能遵循法律规定和最高人民法院的判决，将医疗期工资纳入计算范畴。

法律建议：

• 对于劳动者而言，在计算经济补偿金时，应了解并主张自己的合法权益，包括将医疗期工资纳入计算范畴。
• 对于用人单位而言，应遵守法律规定，按照劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资计算经济补偿金，避免因违法操作而引发劳动争议。

总结： 在计算经济补偿金时，医疗期工资应纳入计算范畴，除非劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资低于当地最低工资标准。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。