经济补偿金的计算基数一般不剔除不正常工资，但需根据具体情况进行判断。以下是对这一问题的详细分析：
一、经济补偿金计算基数的基本原则
经济补偿金是用人单位在依法解除或终止劳动合同时，按照法律规定向劳动者支付的一次性经济补助。其计算基数通常为劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。这里的“平均工资”是一个综合概念，旨在全面反映劳动者在解除合同前的实际收入水平。
二、不正常工资是否应纳入计算基数
病假工资：病假工资是劳动者因病休假期间依法获取的劳动报酬，属于特殊情况下支付的工资。根据《关于工资总额组成的规定》，工资总额包括特殊情况下支付的工资，因此病假工资应当计入经济补偿金的计算基数。这一规定确保了劳动者在病假期间的收入也能在计算经济补偿金时得到体现。
其他不正常工资：对于其他类型的不正常工资，如事假工资、旷工扣款等，其是否应纳入经济补偿金的计算基数，需根据具体情况进行判断。如果这些工资项目属于劳动者应得但因特殊原因未实际取得的收入，且符合法律法规的规定，那么在计算经济补偿金时也应予以考虑。然而，如果这些工资项目是由于劳动者自身原因（如旷工、违纪等）导致的扣款，那么通常不会纳入经济补偿金的计算基数。
三、特殊情况的处理
高薪劳动者的限制：如果劳动者的月工资高于所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍，向其支付经济补偿的标准将按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。这一规定旨在防止高薪劳动者获得过高的经济补偿金，从而平衡用人单位和劳动者之间的利益。
劳动合同约定的优先性：如果劳动合同或用人单位规章制度中明确规定了经济补偿金基数的计算方式（如按照正常出勤工资标准核算），并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么应当按照双方约定进行计算。这一原则体现了合同自由的精神，允许用人单位和劳动者在法律允许的范围内自主约定经济补偿金的计算方式。
四、实际操作中的建议
确认规定：劳动者应仔细查阅劳动合同及单位规章制度中关于经济补偿金的具体规定，确保自己的权益得到保障。如果用人单位的规定与法律法规相悖，劳动者有权要求用人单位按照法律法规的规定进行计算。
收集证据：劳动者应妥善保存与工资收入相关的证据，如工资条、银行转账记录等。这些证据在计算经济补偿金时将起到至关重要的作用。
维权途径：若用人单位在计算经济补偿金时未按照法律法规或劳动合同的规定进行，劳动者可以首先提出书面异议并与单位协商解决；协商无果后，可依法申请劳动仲裁；若仲裁仍未解决，还可向法院提起诉讼以维护自己的合法权益。
总结来说，经济补偿金的计算基数一般不剔除不正常工资，但需根据具体情况进行判断。劳动者应了解自己的权益和义务，并在必要时采取合适的维权措施。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。