员工经济补偿金的计算不应当扣除特殊假期期间，如医疗期、产假等。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、经济补偿金的基本原则
经济补偿金是用人单位在解除或终止劳动合同时，依法向劳动者支付的一种经济补偿。其目的在于保障劳动者在失业期间的基本生活需要，并对其在用人单位工作期间所做出的贡献给予一定的经济认可。因此，经济补偿金的计算应当遵循公平、合理的原则，不应因劳动者在特殊假期期间而有所减少。
二、特殊假期的性质与待遇
医疗期：医疗期是劳动者因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗的期间。在医疗期内，用人单位应当按照劳动合同或国家规定支付劳动者病假工资或疾病救济费，且不得解除劳动合同。医疗期是劳动者依法享有的休息权利，其期间不应计入经济补偿金的扣除范围。
产假：产假是女职工生育期间依法享有的休息权利。根据《女职工劳动保护特别规定》，女职工生育享受98天产假，其中产前可以休假15天；难产的，增加产假15天；生育多胞胎的，每多生育1个婴儿，增加产假15天。在产假期间，用人单位应依法支付其生育津贴，保障女职工的经济权益。产假同样是劳动者依法享有的权利，其期间也不应计入经济补偿金的扣除范围。
三、经济补偿金的计算依据
经济补偿金的计算通常依据劳动者在用人单位的工作年限、月工资等因素确定。具体计算公式可能因地区和政策而异，但一般原则为：经济补偿金=工作年限×月工资。其中，工作年限是指劳动者在用人单位连续工作的年限，月工资是指劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。在计算经济补偿金时，不应将特殊假期期间从工作年限中扣除。
四、相关法律法规的支持
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在解除或终止劳动合同时，应当依法向劳动者支付经济补偿。该法并未规定在计算经济补偿金时需要扣除特殊假期期间。因此，从法律法规的角度来看，经济补偿金的计算也不应当扣除特殊假期期间。
五、实际操作中的建议
在实际操作中，用人单位在计算经济补偿金时，应当严格按照法律法规的规定进行，不得擅自扣除特殊假期期间。如果用人单位对经济补偿金的计算存在疑问或争议，建议咨询专业律师或劳动争议调解机构，以确保计算的准确性和合法性。
综上所述，员工经济补偿金的计算不应当扣除特殊假期期间，如医疗期、产假等。这是保障劳动者合法权益的重要体现，也是用人单位应当遵守的法律法规要求。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。