当员工起诉公司关于公积金未缴纳的问题，而企业对此表示不服时，企业可以按照以下步骤来处理：

一、核实投诉内容

1. 收到相关通知：企业首先会收到住房公积金管理中心送达的《核查通知书》或《住房公积金应缴数额统计表》等资料。
2. 仔细核实：企业需要对员工所反映的事实、补缴的数额、是否存在劳动关系、劳动关系起始时间、是否缴存公积金、缴存起始时间、缴存基数、缴存比例等进行仔细核实。
3. 提出异议：如果企业对投诉内容有异议，应在规定的异议期限内（如深圳为10日内）提出，并提交相关证据材料。

二、应对责令限期缴存决定

1. 收到决定书：如果企业核实后仍认为投诉不成立，但住房公积金管理中心作出了《责令限期缴存决定书》，企业需要对此进行认真对待。
2. 申请行政复议：企业可以在收到《责令限期缴存决定书》之日起60日内，向作出该决定的公积金管理中心的上一级主管部门或本级人民政府申请行政复议。申请时，需提交行政复议申请书及相关证据材料。
3. 提起行政诉讼：如果企业对行政复议结果仍不满意，可以在收到复议决定书之日起15日内，向有管辖权的人民法院提起诉讼。若复议机关逾期不作决定，企业则可在复议期满之日起15日内提起诉讼。直接向人民法院提起诉讼的，应自知道或应当知道作出行政行为之日起6个月内提出（法律另有规定的除外）。

三、重视法律后果

1. 避免置之不理：企业收到住房公积金管理中心送达的材料后，不能置之不理或不在规定的期限内处理。否则，法律上会视为企业承认员工所反映的事实或服从住房公积金管理中心作出的决定，需要承担相应的法律后果。
2. 积极配合：企业应积极配合住房公积金管理中心的调查和处理工作，提供必要的证据和材料。

四、了解法律依据

企业需要了解并遵守《住房公积金管理条例》的相关规定。根据该条例，单位不办理住房公积金缴存登记或不为本单位职工办理住房公积金账户设立手续的，以及逾期不缴或少缴住房公积金的，将由住房公积金管理中心责令限期办理或缴存；逾期仍不办理的，将面临罚款；逾期仍不缴存的，管理中心可以申请人民法院强制执行。

五、预防措施

1. 加强法律意识：企业应加强对劳动法律法规的学习和了解，确保依法为员工缴纳公积金。
2. 完善内部管理：企业应完善内部管理制度，确保公积金的缴纳工作得到妥善执行。
3. 及时沟通：如果员工对公积金缴纳有疑问或不满，企业应及时与员工沟通并解决问题，避免矛盾升级。

综上所述，当员工起诉公司关于公积金未缴纳的问题而企业表示不服时，企业应核实投诉内容、应对责令限期缴存决定、重视法律后果、了解法律依据并采取预防措施。通过这些步骤，企业可以更好地维护自己的合法权益并避免不必要的法律纠纷。