若公司起诉后员工公积金仍未退还，员工可采取以下措施维护自身权益：

1. 确认公积金退还的法律依据与流程
   根据《住房公积金管理条例》第十五条，单位与员工终止劳动关系时，单位应在30日内办理公积金账户封存或转移手续。若公司未履行该义务，员工有权要求公司补办。若公司已进入诉讼程序，员工可同步向法院主张公积金退还诉求，或在诉讼中申请财产保全（如公司账户有资金），确保后续执行可行性。

2. 通过行政途径投诉
   若公司拒不配合，员工可向当地住房公积金管理中心投诉。管理中心有权责令公司限期改正；逾期不改正的，可申请法院强制执行，并处以罚款（罚款金额为1万元至5万元）。此途径效率较高，且不依赖诉讼结果，可作为优先选择。

3. 在诉讼中主张公积金权益
   若公司起诉内容与公积金无关（如劳动争议、合同纠纷等），员工可在应诉时提出反诉或抗辩，要求法院一并处理公积金退还问题。需注意：若原诉讼未涉及公积金，员工需另行提起劳动仲裁或民事诉讼，主张公司返还公积金或赔偿损失。

4. 申请强制执行
   若员工已通过劳动仲裁或法院判决确认公司应退还公积金，但公司仍不履行，员工可向法院申请强制执行。执行阶段可查封公司账户、财产，或将其纳入失信被执行人名单，迫使公司履行义务。

操作建议：

• 优先收集证据：劳动合同、公积金缴纳记录、离职证明、公司拒不退还的书面证据（如邮件、聊天记录）等。
  
• 同步推进行政投诉与诉讼：行政投诉可快速施压，诉讼可形成法律强制力，两者结合效率更高。
  
• 关注公司财产状况：若公司已濒临破产，需尽快申请财产保全，避免执行困难。
  

如有具体细节需进一步分析（如公司起诉原因、公积金争议金额等），可直接向我说明，我会结合案情提供更精准的方案。