甲方以不签协议不付工程款的行为，从某种程度上可以视为一种胁迫手段，但单纯此行为是否构成法律上的恐吓，需结合具体情境判断。被逼无奈签了协议先拿钱，后期仍然有权通过法律途径维护自身权益，即可以打官司。

1. 关于甲方行为的性质

   • 胁迫行为：在法律上，胁迫通常指的是一方以给对方或其亲友的生命健康、荣誉、名誉、财产等造成损害为要挟，迫使对方作出违背真实意思的意思表示。甲方以不签协议不付工程款相要挟，迫使乙方签订协议，这种行为在性质上接近于胁迫。然而，是否构成法律上的恐吓，还需考虑胁迫的手段、程度以及是否造成了实际的损害后果等因素。
   • 合同效力：如果乙方的签订协议行为是在甲方的胁迫下作出的，且该胁迫行为足以影响乙方的真实意思表示，那么该协议可能被视为可撤销的合同。根据《民法典》的相关规定，受胁迫方有权在法定期限内请求人民法院或者仲裁机构撤销该合同。

2. 关于乙方后期打官司的可能性

   • 撤销权行使：乙方在签订协议后，如果发现该协议是在甲方的胁迫下签订的，且该胁迫行为影响了其真实意思表示，那么乙方有权在法定期限内（通常为一年）行使撤销权，请求人民法院或者仲裁机构撤销该合同。
   • 诉讼途径：一旦合同被撤销，乙方就有权要求甲方返还已支付的工程款，并可以就因此遭受的损失要求甲方进行赔偿。乙方可以通过向人民法院提起诉讼的方式，来维护自己的合法权益。

3. 法律建议

   • 收集证据：乙方在决定打官司之前，应尽可能收集与胁迫行为相关的证据，如通信记录、录音录像、证人证言等，以证明协议是在甲方的胁迫下签订的。
   • 及时咨询：由于法律程序复杂且时效性较强，建议乙方在决定打官司之前，及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及诉讼的可能结果和风险。
   • 谨慎行事：在打官司的过程中，乙方应谨慎行事，遵守法律程序和规定，不得采取任何违法或不当的行为来维护自己的权益。

综上所述，乙方在被迫签订协议后，仍然有权通过法律途径来维护自己的合法权益。如果乙方认为协议是在甲方的胁迫下签订的，且该胁迫行为影响了其真实意思表示，那么乙方可以在法定期限内行使撤销权，并要求甲方返还已支付的工程款和赔偿损失。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。