公司私自拿走你的申请书是违法的。以下从不同角度为你详细分析：

1. 从个人财产权角度：

   • 你的申请书属于你的个人物品或文件，它承载了你的个人信息和意愿表达，受法律保护。公司未经你允许，私自拿走，侵犯了你对该申请书的占有权和使用权，这违反了基本的财产权保护原则。

2. 从劳动法律关系角度：

   • 在劳动法律关系中，虽然公司与员工之间存在一定的管理和被管理关系，但这并不意味着公司可以随意侵犯员工的个人权益。你的申请书，如果是与工作相关的申请（如晋升、调岗、离职等），更是你个人权益的重要体现。公司私自拿走，可能干扰了你正常的工作流程和权益表达，违反了劳动法律中关于保护劳动者合法权益的规定。

3. 从可能的法律后果角度：

   • 如果公司私自拿走你的申请书，并因此给你造成了损失（如因申请书被拿走而未能及时提交，导致错失晋升机会等），你有权要求公司承担相应的赔偿责任。
   • 同时，你也可以向劳动监察部门投诉公司的这种行为，要求其进行调查和处理。如果情况严重，你还可以考虑通过劳动仲裁或诉讼的方式，维护自己的合法权益。

给你的建议：

• 首先，与公司进行沟通，明确表达你对公司私自拿走申请书的不满，并要求公司立即归还或给出合理的解释。
• 如果沟通无果，你可以收集相关证据（如申请书的复印件、与公司的沟通记录等），向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 在整个过程中，保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。

如果你在处理此事过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。