总包单位在保修期内，一般不能随意扣除质量保证金。下面我将从法律角度对此进行详细解释：

法律背景

在建设工程领域，总包单位与分包单位之间会签订工程合同，其中通常会约定保修期以及质量保证金的相关条款。质量保证金是为了保证工程质量而设立的一种担保方式，通常在工程竣工验收后的一段时间内（即保修期内）留存，以用于维修可能出现的工程质量问题。

具体分析

1. 保修期的意义：

   • 保修期是总包单位与分包单位之间约定的，对工程质量问题进行保修的期限。
   • 在保修期内，如果工程出现质量问题，分包单位有义务进行免费维修。

2. 质量保证金的作用：

   • 质量保证金是分包单位为了履行保修义务而提供的一种经济担保。
   • 如果分包单位在保修期内未履行保修义务，总包单位有权使用质量保证金进行维修。

3. 扣质量保证金的条件：

   • 总包单位要扣除质量保证金，必须基于分包单位未履行保修义务的前提。
   • 如果分包单位已经按照约定履行了保修义务，或者工程质量问题并非分包单位的责任，总包单位则无权扣除质量保证金。

4. 保修期与质量保证金的关系：

   • 保修期是质量保证金留存的时间段，但并非总包单位随意扣除质量保证金的依据。
   • 在保修期内，如果分包单位无违约行为，总包单位应当按时返还质量保证金。

结论

因此，总包单位与分包单位就防水工程签订保修期2年的合同后，总包单位不能仅凭保修期的约定就随意扣除质量保证金。只有在分包单位未履行保修义务，且工程质量问题属于分包单位责任的情况下，总包单位才有权扣除质量保证金。如果分包单位已经按照约定履行了保修义务，或者工程质量问题并非分包单位的责任，总包单位应当按时返还质量保证金。

如果你在这方面有具体的法律纠纷或疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。