在工程保修期为2年、防水保修期为5年的情况下，质量保证金的退还时间主要取决于保修期的届满情况，且通常防水部分的保修期届满后，若整体工程无质量问题，即可申请退还质量保证金。以下是对此问题的详细分析：

一、保修期与质量保证金的关系

1. 保修期定义：保修期是工程承包合同中约定的，对工程质量问题承担保修责任的期限。它通常包括整体工程的保修期和特定部分（如防水）的保修期。

2. 质量保证金作用：质量保证金是发包方为确保承包方在保修期内履行保修义务而预留的一部分工程款。若承包方在保修期内未履行保修义务或工程质量存在问题，发包方有权从质量保证金中扣除相应费用。

二、质量保证金退还时间

1. 整体工程保修期届满：

   • 若合同中仅约定了整体工程的保修期（如2年），且未对特定部分（如防水）的保修期进行单独约定，则质量保证金应在整体工程保修期届满后，经检查无质量问题时退还。

2. 特定部分保修期届满：

   • 在本题中，合同明确约定了防水部分的保修期为5年。这意味着，即使整体工程的保修期（2年）已经届满，但如果防水部分仍在保修期内，且存在质量问题，发包方仍有权从质量保证金中扣除相应费用用于维修。
   • 因此，质量保证金的完全退还应等待防水部分保修期也届满后，且整体工程无质量问题时进行。

3. 实际操作中的考虑：

   • 在实际操作中，发包方和承包方可能会在合同中约定更详细的质量保证金退还条款，如分期退还、按比例退还等。
   • 此外，如果承包方在保修期内积极履行了保修义务，且工程质量得到了发包方的认可，双方也可以协商提前退还部分或全部质量保证金。

三、法律建议

1. 审查合同条款：

   • 承包方应仔细审查工程承包合同中关于保修期和质量保证金的条款，确保自己清楚了解退还质量保证金的具体条件和流程。

2. 积极履行保修义务：

   • 在保修期内，承包方应积极响应发包方的维修请求，及时履行保修义务，以避免因质量问题导致质量保证金被扣除。

3. 及时沟通协商：

   • 如果承包方认为质量保证金应被退还，但发包方持有异议，双方应及时沟通协商，寻求解决方案。必要时，可以寻求法律途径解决争议。

举例说明：假设一个工程项目在2020年1月1日竣工，整体工程保修期为2年，防水部分保修期为5年。那么，在2022年1月1日整体工程保修期届满时，如果防水部分仍在保修期内且存在质量问题，发包方仍有权从质量保证金中扣除维修费用。只有当防水部分保修期也届满（即2025年1月1日），且整体工程无质量问题时，承包方才能申请全额退还质量保证金。

综上所述，质量保证金的退还时间主要取决于保修期的届满情况。在实际操作中，承包方应仔细审查合同条款、积极履行保修义务，并及时与发包方沟通协商以解决可能出现的争议。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。