结论：工程质量保修期满付余款，并不必然要等防水质保期满5年后付，具体需根据合同约定及法律规定来确定。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定优先
合同有明确约定：如果建设工程施工合同中明确约定了工程质量保修期满后支付余款，并且对于防水工程等特定部分也规定了单独的质保期（如5年），但并未将余款支付与防水质保期满挂钩，那么按照合同约定，工程质量保修期满后即应支付余款，无需等待防水质保期满。
合同约定模糊或存在歧义：如果合同中对于余款支付的条件约定模糊，或者存在多种解释，那么需要根据合同的目的、交易习惯以及诚实信用原则等来确定双方的真实意思表示。在这种情况下，如果防水质保期被视为工程质量保修期的一部分，且合同未明确排除其适用，那么可能需要等待防水质保期满后才能支付余款。但这种情况较为复杂，建议双方协商解决或寻求法律途径明确。
二、法律规定及行业惯例
法律规定：根据《建设工程质量管理条例》等相关法律法规，建设工程实行质量保修制度。质量保修期从工程竣工验收合格之日起计算，具体期限由双方在合同中约定。对于防水工程等特定部分，法律可能规定了最低保修期限（如5年），但这并不意味着余款支付必须与此挂钩。
行业惯例：在建设工程领域，余款支付通常与工程质量保修期满相关联，但具体支付条件可能因项目类型、合同条款等因素而有所不同。如果行业惯例或类似项目合同中通常将防水质保期作为余款支付的一个条件，那么这可能对双方产生一定的约束力。然而，这并非绝对，仍需以合同约定为准。
三、实际操作建议
审查合同条款：首先，应仔细审查建设工程施工合同中关于余款支付、质量保修期以及防水质保期等条款的约定，明确双方的权利和义务。
协商解决：如果合同条款存在模糊或歧义，或者双方对于余款支付条件存在争议，建议通过协商的方式解决。双方可以就余款支付的具体时间、条件等达成补充协议，以明确各自的权利和义务。
寻求法律途径：如果协商无果，双方可以寻求法律途径解决争议。可以向法院提起诉讼或申请仲裁，由法院或仲裁机构根据合同约定、法律规定以及行业惯例等作出裁决。
举例说明：假设一个建设工程施工合同中约定，工程质量保修期为2年，防水工程质保期为5年，余款在工程质量保修期满后支付。在这种情况下，如果工程质量保修期已满，但防水质保期尚未满，按照合同约定，余款仍应支付，因为合同并未将余款支付与防水质保期满挂钩。但如果合同中约定“余款在工程质量保修期及防水质保期均满后支付”，则需等待防水质保期满后才能支付余款。
总结：工程质量保修期满付余款是否要等防水质保期满5年后付，需根据合同约定及法律规定来确定。建议双方在签订合同时明确约定余款支付的条件和时间，以避免后续争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。