总承包合同中新防水工程质保金的计算，通常需结合合同约定、工程类型及行业惯例综合判断，具体如下：

1. 合同约定优先原则
   若总承包合同中已明确约定防水工程质保金比例（如合同总价款的3%-5%）、计算基数（如防水工程分项价款或合同总价）及支付条件（如缺陷责任期届满后无质量问题一次性返还），则直接按合同条款执行。例如：合同约定防水工程价款为200万元，质保金比例为5%，则质保金金额为10万元。

2. 行业惯例与规范依据
   若合同未明确约定，可参考《建设工程质量保证金管理办法》及地方性法规：

   • 质保金比例上限：根据《建设工程质量保证金管理办法》第七条，发包人预留的质保金比例不得高于工程价款结算总额的3%（2017年修订后由5%下调至3%）。但需注意，防水工程作为单独分项，部分地区可能允许按分项价款比例预留（如防水工程价款的5%），但不得突破总价款3%的法定上限。
     
   • 缺陷责任期：防水工程缺陷责任期通常为5年（依据《建设工程质量管理条例》第四十条，屋面防水工程最低保修期为5年），但合同可约定短于法定期限（如2年），质保金返还时间与缺陷责任期届满时间挂钩。

3. 计算基数争议处理
   若合同对计算基数约定模糊（如“按工程价款”未明确是总价还是分项价），需结合合同目的、交易习惯及公平原则判断：

   • 总价包干合同：通常以合同总价款为基数，但防水工程作为独立分项时，可主张按分项价款比例计算（需提供工程量清单等证据）。
     
   • 单价合同：按实际完成的防水工程量乘以单价确定分项价款，再以此为基数计算质保金。

4. 特殊情形处理

   • 质保金与保修金区分：若合同同时约定“质保金”和“保修金”，需明确两者是否为同一概念。实践中，质保金通常为现金预留，保修金可能包含银行保函等形式，计算方式可能不同。
     
   • 提前返还条款：若承包人在缺陷责任期内完成修复且经发包人确认，可协商提前返还部分或全部质保金（需书面协议）。

建议行动：

1. 核查总承包合同中关于质保金比例、计算基数、缺陷责任期及返还条件的条款；
   
2. 若合同无约定或约定模糊，可依据《建设工程质量保证金管理办法》及地方性法规主张权利；
   
3. 涉及复杂争议时，建议提供合同文本、工程量清单等材料，进一步分析计算方式合法性及合理性。
   

如有具体合同条款或案例细节，可直接向我咨询，我将结合事实与法律提供专项分析。