结论前置：施工单位与总包单位约定的防水施工合同质保期两年，若不低于法定最低保修期限，则该约定有效。

一、质保期的法定最低标准

根据《建设工程质量管理条例》第四十条的规定，对于屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏，其最低保修期限为5年。这是法律为保障工程质量而设定的最低标准，合同双方约定的质保期不得低于此期限。

二、两年质保期的有效性分析

1. 若合同约定的两年质保期不低于法定最低保修期限的特殊情况（虽不常见，但理论上可能存在其他条款调整整体责任）：

   • 在此情况下，由于合同双方的意思自治，且约定的质保期并未违反法律的强制性规定，因此该约定是有效的。但需注意，这种情况较为特殊，因为通常防水工程的质保期约定不会低于法定的5年期限。

2. 若合同仅针对防水工程约定两年质保期，且未提及其他补偿或调整条款：

   • 在此情况下，由于约定的质保期低于法定的最低保修期限，该部分约定可能被视为无效。因为法律设定最低保修期限的目的是为了保障工程质量，保护消费者的合法权益，合同双方不得通过约定来规避这一法定义务。

三、实际操作中的建议

1. 审查合同条款：

   • 在签订防水施工合同时，双方应仔细审查合同条款，特别是关于质保期的约定。确保约定的质保期不低于法定的最低保修期限，以避免因违反法律规定而导致合同条款无效。

2. 明确责任与义务：

   • 合同中应明确双方在质保期内的责任与义务，包括保修范围、保修期限、保修费用承担等。这有助于在质保期内出现质量问题时，双方能够迅速、有效地解决问题。

3. 考虑实际工程情况：

   • 在约定质保期时，双方还应考虑实际工程情况，如工程规模、复杂程度、使用环境等。这些因素可能影响工程的质量和使用寿命，从而需要在质保期上进行相应的调整。

四、法律后果

若合同约定的质保期低于法定的最低保修期限，且未通过其他条款进行补偿或调整，则该部分约定可能被视为无效。在质保期内出现质量问题时，施工单位仍需承担法定的保修责任，包括免费维修、更换等。若施工单位拒绝履行保修责任，建设单位有权通过法律途径追究其责任。

总结与建议：在实际操作中，建议合同双方在约定防水施工合同的质保期时，务必遵守《建设工程质量管理条例》的相关规定，确保约定的质保期不低于法定的最低保修期限。若有问题，可以直接向我咨询。