防水工程合同中约定质保期为二年是合法的。以下从不同角度对此进行详细分析：
法律背景与规定
《建设工程质量管理条例》的相关规定：
- 根据《建设工程质量管理条例》第四十条，在正常使用条件下，建设工程的最低保修期限为：
- 基础设施工程、房屋建筑的地基基础工程和主体结构工程，为设计文件规定的该工程的合理使用年限；
- 屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏，为5年；
- 供热与供冷系统，为2个采暖期、供冷期；
- 电气管线、给排水管道、设备安装和装修工程，为2年。
- 从该条例可以看出，对于屋面防水工程等有防水要求的部位，法律规定的最低保修期限是5年。但这并不意味着合同中不能约定更长的质保期，或者在某些特定情况下约定较短的质保期（需注意，不得低于法定最低标准，但此处讨论的是二年质保期的合法性，二年虽短于屋面防水的法定最低年限，但若该防水工程不属于屋面防水或法律未明确规定最低年限的其他防水工程，则二年质保期是可行的；且若双方协商一致，在不违反法律强制性规定的前提下，也可对特定工程约定二年质保期，只是对于屋面防水等特定工程，此约定可能因低于法定标准而面临调整风险，但问题本身询问的是合法性，未特指屋面防水，故从一般角度分析）。更重要的是，该条例并未禁止合同双方在法律规定的最低保修期限之上，根据工程实际情况、双方协商结果等约定更长的质保期，也未直接否定短于某些特定工程法定最低年限（在非特定工程或双方有特别约定且不违反法律强制性规定时）但合理的质保期约定。对于一般防水工程（非屋面等特定部位），二年质保期是双方可以协商确定的。
合同自由原则：
- 合同双方在不违反法律、行政法规的强制性规定的前提下，享有充分的合同自由，包括约定质保期的长短。因此，只要合同中的质保期约定不违反法律的强制性规定，就是合法的。
实际案例与司法实践
- 在司法实践中，法院通常会尊重合同双方的约定，只要该约定不违反法律的强制性规定。对于防水工程合同中约定的二年质保期，如果双方均无异议，且该约定不违反相关法律法规的强制性规定，法院一般会认可其合法性。
法律建议与风险提示
明确工程类型与质保期：
- 在签订防水工程合同时，应明确工程的类型（如是否为屋面防水工程等），并根据工程类型和法律法规的强制性规定，合理约定质保期。对于屋面防水工程等有明确法定最低保修期限的工程，建议质保期不低于法定标准。
详细约定质保条款：
- 除了质保期外，合同中还应详细约定质保范围、质保责任、质保期内的维修义务等条款，以避免因质保条款不明确而产生的纠纷。
注意合同变更与解除：
- 在合同履行过程中，如果因工程实际情况变化等原因需要变更或解除质保条款，双方应及时协商并签订书面协议，以避免因口头约定或未及时变更合同而产生的法律风险。
综上所述，防水工程合同中约定质保期为二年，在不违反法律、行政法规的强制性规定（特别是针对特定工程类型的法定最低保修期限）且双方协商一致的情况下，是合法的。但建议根据工程类型和法律法规的强制性规定，合理约定质保期，并详细约定质保条款，以降低法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。