工程质保期约定三年是合法的。在建设工程领域，质保期的约定通常基于双方当事人的协商，并受相关法律法规的约束。以下是对这一问题的详细分析：

1. 法律法规依据：

   • 根据相关法律法规，如《建设工程质量管理条例》等，虽然对部分工程部位的最低保修期限有明确规定（如电气管线、给排水管道为2年，屋面防水工程为5年等），但并未限制质保期的上限。
   • 《建设工程质量保证金管理办法》中提到的缺陷责任期一般为1年，最长不超过2年，但这并不等同于质保期。缺陷责任期是承包人承担缺陷修复责任的期限，而质保期则是工程整体或特定部分的质量保障期限，两者可以不同。

2. 合同约定与合法性：

   • 如果合同中明确约定了质保期为三年，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么该约定是合法的。
   • 双方当事人在签订合同时，有权根据工程的具体情况、预期使用寿命、技术特点等因素，协商确定质保期的长短。

3. 实践中的做法：

   • 在实践中，三年质保期是较为常见的约定，特别是在一些大型、复杂或技术要求较高的工程项目中。
   • 质保期的约定通常与工程质量保证金、维修责任等条款相关联，以确保工程在质保期内出现质量问题时，承包人能够及时履行维修义务。

综上所述，工程质保期约定三年是合法的，但具体约定还需根据工程的具体情况、法律法规的要求以及双方当事人的协商来确定。如果您在建设工程合同方面有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。