自动离职后仍然可以申请劳动仲裁。下面我将详细解释这一结论，并提供相关的法律背景和建议。
法律解释
劳动仲裁的适用范围：根据《劳动争议调解仲裁法》，只要劳动者与用人单位之间存在劳动争议，如确认劳动关系、追索劳动报酬、经济补偿等，且争议发生在仲裁时效内（一般为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算），劳动者就有权申请劳动仲裁。
自动离职的影响：自动离职本身并不影响劳动者申请劳动仲裁的权利。即使劳动者未办理离职手续或违反了公司的相关规定而自动离职，只要其能证明与用人单位之间存在劳动争议，且争议符合劳动仲裁的受理范围，就可以依法申请仲裁。
证据的重要性：在申请劳动仲裁时，劳动者需要提供充分的证据来证明自己的主张，如劳动合同、工资条、工作证、离职证明等。这些证据有助于证明劳动关系、劳动争议的发生以及劳动者的权益受损情况。
实例分析
以一个小朱的案例为例，小朱因公司长期拖欠工资而自动离职。离职后，他决定申请劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资及经济补偿。尽管公司认为小朱自动离职无权再要求支付工资和经济补偿，但根据法律规定，小朱因为公司拖欠工资而自动离职，属于与用人单位存在劳动争议，且在时效范围内，因此他有权申请仲裁。只要小朱能提供充分的证据证明公司存在未支付工资的违法情形，其仲裁申请就会得到法律的支持。
法律建议
及时申请：劳动者在自动离职后，如果认为自己的权益受到侵害，应及时向劳动仲裁委员会提出仲裁申请，以免错过仲裁时效。
准备证据：在申请仲裁前，劳动者应尽可能收集并整理好相关证据，以确保自己的主张能够得到支持。
了解法律：劳动者在申请仲裁前，可以了解相关的法律法规和仲裁程序，以便更好地维护自己的合法权益。
综上所述，自动离职后仍然可以申请劳动仲裁。劳动者在申请仲裁时，应提供充分的证据来证明自己的主张，并了解相关的法律法规和仲裁程序。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。