配合公安调查超过半年，单位不可以直接以此为由开除员工。下面我将从法律角度为您详细解析这个问题：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在解除与劳动者的劳动合同时，必须遵守法律规定的条件和程序。
   • 配合公安调查是公民的义务，并不构成劳动者违反劳动纪律或用人单位规章制度的情形。

2. 开除员工的合法情形：

   • 用人单位可以依据《劳动合同法》第三十九条的规定，在劳动者存在严重违反用人单位的规章制度、严重失职、营私舞弊等行为时，解除劳动合同。
   • 但配合公安调查并不属于上述可以解除劳动合同的情形。

3. 建议与注意事项：

   • 如果用人单位试图以配合公安调查为由开除员工，员工可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
   • 同时，员工在配合公安调查期间，也应尽量保持与用人单位的沟通，说明情况，避免误解和不必要的纠纷。

综上所述，配合公安调查超过半年并不是用人单位可以开除员工的合法理由。如果您或您身边的人遇到了类似的问题，可以及时向我咨询，我会为您提供更详细的法律帮助。