关于持证上岗的安全员证件没有注册在公司是否合法的问题，这主要涉及到安全员的注册与执业规定。以下是对此问题的详细解答：

首先，我们需要明确的是，持证上岗的安全员通常指的是已经取得了相应安全资格证书的人员。然而，仅仅取得证书并不意味着就可以合法地从事安全工作，因为还涉及到证书的注册问题。

根据《注册安全工程师职业资格制度规定》等相关法规，安全工程师或安全员在取得职业资格证书后，需要进行注册才能合法执业。注册的目的是为了确认其具备从事安全生产管理服务的资格和能力，并且与其受聘的生产经营单位或安全生产专业服务机构建立正式的劳动关系。

具体来说，安全员在注册时，需要填写受聘单位信息，并且这个受聘单位应当是与其建立劳动关系的单位，同时也是为其缴纳社会保险费的单位。这意味着，如果安全员没有将其证件注册在公司，或者注册的单位与其实际工作的单位不一致，那么其在该单位的执业行为就可能被视为不合法。

此外，从安全管理的角度来看，公司也有责任确保聘请的安全员具备合法的执业资格。如果公司聘用了未注册或注册信息与实际不符的安全员，那么这不仅可能违反相关法规，还可能对公司的安全生产造成潜在风险。

综上所述，持证上岗的安全员证件如果没有注册在公司，或者注册信息与实际不符，那么其在该公司的执业行为是不合法的。因此，建议安全员在取得职业资格证书后，及时按照相关规定进行注册，并确保注册信息与实际工作情况一致。同时，公司也应该加强安全管理，确保聘请的安全员具备合法的执业资格。