公司职工代表大会通过全员降薪，员工仍然可以申请劳动仲裁。以下是详细分析：

1. 劳动合同变更原则：

   • 根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更需要用人单位与劳动者协商一致，并采用书面形式。劳动报酬作为劳动合同的重要组成部分，其变更同样需要遵循这一原则。
   • 公司职工代表大会虽然可以通过某些决议，但这并不等同于与每个员工个别协商并达成书面协议。因此，即使职工代表大会通过了全员降薪的决议，如果未经员工个人同意，仍然构成对劳动合同的擅自变更。

2. 员工权益保护：

   • 公司擅自降薪属于违约行为，侵害了员工的合法权益。员工有权依据《劳动合同法》等相关法律法规，通过劳动仲裁来维护自己的权益。
   • 在申请劳动仲裁时，员工需要收集相关证据，如劳动合同、工资条、降薪通知等，以证明公司擅自降薪的事实。

3. 劳动仲裁的时效与程序：

   • 劳动仲裁的时效通常为一年，从员工知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。
   • 员工在申请劳动仲裁前，可以尝试与公司进行协商，要求恢复原工资待遇或进行补偿。如果协商无果，再向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请。

4. 特殊情况的考虑：

   • 如果公司能够证明因经营困难等客观原因需要降薪，并且已经与员工进行了协商或按照法定程序进行了公示和告知，那么降薪行为可能会被认定为合法。
   • 但在这种情况下，公司仍然需要确保降薪决定的合理性和公平性，避免对特定员工造成不公平的待遇。

综上所述，即使公司职工代表大会通过了全员降薪的决议，如果未经员工个人同意并达成书面协议，员工仍然有权申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁时，员工需要收集相关证据并遵循法定的时效和程序要求。