明确结论：劳动合同中约定用人单位可以自主决定工资但不得低于最低工资标准，这一约定是有效的。

详细分析：

1. 法律基础：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，国家实行最低工资保障制度，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
   • 《中华人民共和国劳动合同法》第二十六条也规定，违反法律、行政法规强制性规定的劳动合同无效或者部分无效。而最低工资标准属于法律的强制性规定。

2. 约定有效性：

   • 劳动合同中约定工资不低于最低工资标准，是符合法律法规的强制性要求的。
   • 用人单位在遵守这一前提的条件下，可以自主决定工资的具体数额，这样的约定是合法且有效的。

3. 实际操作：

   • 用人单位在设定工资时，应确保不低于当地最低工资标准，这是法律对劳动者基本权益的保障。
   • 如果劳动合同中约定的工资低于最低工资标准，该条款将无效，劳动者有权要求用人单位按照最低工资标准支付工资。

4. 劳动者权益保护：

   • 劳动者应了解自己的工资水平与当地最低工资标准的关系，确保自己的劳动报酬不低于法定底线。
   • 如发现工资低于最低工资标准，劳动者可以与用人单位协商解决，或向劳动监察部门投诉，以维护自己的合法权益。

综上所述，劳动合同中约定用人单位可以自主决定工资但不得低于最低工资标准，是符合法律法规的，且该约定是有效的。劳动者和用人单位都应遵守相关法律法规，确保劳动合同的合法性和有效性。