针对“员工有借款公司是否可以不发工资”的问题，我们需要从法律角度和实际操作两个方面来详细解答。
一、法律角度
工资与借款的法律性质：
- 工资是员工基于劳动付出所获得的合法收益，受《劳动法》等法律法规的保护。
- 员工借款则属于民事借贷关系，与工资支付是两个独立的法律事务。
公司能否以借款为由拒发工资：
- 根据法律规定，公司不能因员工有借款而拒绝发放工资。工资应当按月以货币形式支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。
- 如果公司在未经员工同意的情况下擅自扣发工资以抵偿借款，可能构成克扣工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
合法追讨借款的方式：
- 公司应与员工协商还款事宜，若协商一致，员工按约定还款。
- 若协商不成，公司应通过合法的民事诉讼等途径来追讨借款，而不是直接扣发工资。
二、实际操作建议
明确协议：
- 在员工借款时，公司应与员工签订明确的借款协议，约定借款金额、还款期限、还款方式等条款。
- 如果双方同意在特定情况下可以从工资中扣除借款，也应在协议中明确注明，并确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准。
合规操作：
- 公司应严格按照劳动法律法规的要求支付工资，不得因任何理由克扣或拖欠员工工资。
- 如果员工未按约定还款，公司应通过法律途径来维护自身权益，而不是直接扣发工资。
沟通协商：
- 在出现借款纠纷时，公司应积极与员工进行沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 如果协商无果，公司可以寻求法律援助或提起民事诉讼来追讨借款。
综上所述，员工有借款并不能成为公司不发工资的理由。公司应遵守相关法律法规，确保按时足额支付员工工资，并通过合法途径来追讨员工借款。