库管员交接工作后因为库存差异要求扣工资赔偿，这样做并不一定合理。具体是否合理，需要根据实际情况和相关法律法规来判断。

首先，我们要明确的是，库存差异可能由多种原因造成，包括但不限于库管员的工作失误、库存管理系统的问题、其他员工的操作错误等。因此，在出现库存差异时，不能简单地归责于库管员，并要求其承担全部责任。

其次，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者的工资，不得无故克扣或者拖欠。如果用人单位因为库存差异而要求库管员承担赔偿责任，并从其工资中扣除相应金额，那么这种做法需要符合以下条件：

1. 有明确的规章制度：用人单位需要有明确的规章制度，规定在何种情况下可以因库存差异而扣除员工工资，并且该规章制度需要经过民主程序制定，且内容合法、合理。
2. 有充分的证据：用人单位需要提供充分的证据证明库存差异是由于库管员的工作失误造成的，而不是其他原因。
3. 扣除金额合理：即使库管员确实存在工作失误，用人单位在扣除其工资时也需要遵循合理原则，不能随意扣除过多金额。

如果用人单位未能满足上述条件，那么其要求库管员因库存差异而承担赔偿责任的做法就是不合法的。库管员可以依法维护自己的合法权益，包括向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等。

综上所述，库管员交接工作后因为库存差异要求扣工资赔偿的做法并不一定合理，需要根据具体情况和相关法律法规来判断。如果用人单位的做法不合法或不合理，库管员可以依法维护自己的权益。如果你在这方面有进一步的法律问题或需要更详细的帮助，请直接向我咨询。