库存丢失是否应由员工赔偿，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
员工过错与赔偿关系：
- 一般原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，如果员工因故意或重大过失导致库存丢失，且该行为违反了公司的规章制度或劳动合同中的明确约定，那么员工可能需要承担相应的赔偿责任。这里的“故意”指的是员工明知自己的行为会导致库存丢失，而希望或放任这种结果发生；“重大过失”则指的是员工在履行职责时，未尽到应有的注意义务，导致库存丢失。
- 具体判断：在判断员工是否存在过错时，需要综合考虑员工的工作性质、职责范围、丢失库存的具体情况（如数量、价值、丢失原因等）以及员工在事件中的行为表现等因素。如果员工能够证明自己已经尽到了合理的注意义务，且库存丢失是由于不可抗力或意外事件导致的，那么员工通常不需要承担赔偿责任。
公司规章制度与劳动合同：
- 规章制度：公司可以在规章制度中明确规定员工在库存管理方面的职责和义务，以及因员工过错导致库存丢失时的赔偿责任。如果员工违反了这些规定，公司有权要求员工承担相应的赔偿责任。但需要注意的是，公司的规章制度必须合法合规，且已经向员工进行了公示或告知，否则可能无法作为要求员工赔偿的依据。
- 劳动合同：劳动合同是员工与公司之间约定双方权利和义务的法律文件。如果劳动合同中明确约定了员工因过错导致库存丢失时的赔偿责任，那么员工在违反该约定时，需要承担相应的赔偿责任。但同样需要注意的是，劳动合同中的约定也必须合法合规，且不得违反法律法规的强制性规定。
赔偿范围与限度：
- 赔偿范围：如果员工需要承担赔偿责任，赔偿范围通常限于因员工过错导致的直接经济损失。这包括丢失库存的价值以及因处理该事件而产生的合理费用（如调查费用、诉讼费用等）。但需要注意的是，赔偿范围不应包括公司因库存丢失而可能遭受的间接损失（如商誉损失、客户流失等），因为这些损失通常难以准确量化，且可能受到多种因素的影响。
- 赔偿限度：在确定赔偿限度时，需要考虑员工的经济承受能力以及公司的实际损失情况。如果员工的经济承受能力有限，而公司的实际损失较大，那么公司可以在合理范围内要求员工承担部分赔偿责任，而不是要求员工承担全部赔偿责任。同时，公司也可以考虑通过其他方式（如保险理赔、追回部分丢失库存等）来减轻自身的损失。
实际操作建议：
- 完善规章制度：公司应完善库存管理制度和员工行为规范，明确员工在库存管理方面的职责和义务，以及因员工过错导致库存丢失时的赔偿责任和处理流程。
- 加强培训与教育：公司应加强对员工的培训和教育，提高员工对库存管理的重视程度和风险防范意识，减少因员工过错导致的库存丢失事件。
- 及时处理与沟通：一旦发生库存丢失事件，公司应及时进行调查和处理，并与员工进行沟通协商，明确责任归属和赔偿方案。如果无法达成一致意见，公司可以考虑通过法律途径解决争议。
总结来说，库存丢失是否应由员工赔偿取决于员工是否存在过错、公司规章制度和劳动合同中的约定以及赔偿范围和限度的合理性等因素。在实际操作中，公司应完善相关制度、加强培训与教育、及时处理与沟通，以减少因库存丢失而引发的法律纠纷和经济损失。如有具体法律问题，可直接向我咨询。