关于您提出的企业制度明确员工休息日加班安排补休，但员工离职时还有补休未休完的问题，以下是我的详细解答：

核心结论：员工离职时若还有补休未休完，单位应与员工协商处理，通常做法是安排调休或支付加班费。若无法调休，单位需按照法律规定支付加班费。

具体处理方式：

1. 协商调休：

   • 若劳动合同或公司制度中有相关规定，应首先按照约定执行。
   • 若无具体规定，单位应与员工协商，在离职前尽量安排调休。

2. 支付加班费：

   • 若无法安排调休，单位需按照法律规定支付加班费。
   • 加班费计算标准如下：
     • 工作日加班调休未休完部分，需按照不低于工资的150%支付报酬。
     • 休息日加班且不能调休的，支付不低于工资的200%。
     • 法定休假日加班则支付不低于工资的300%。

法律建议：

• 员工在离职前应主动与单位沟通，明确补休或加班费的处理方式。
• 若单位拒绝协商或未按法律规定支付加班费，员工可以收集考勤记录、加班通知等加班证据，向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁维权。

法律依据：

• 《中华人民共和国劳动法》第四十四条明确规定了加班费的支付标准。
• 相关劳动法规也强调了单位应保障员工的休息休假权利，并规定了加班费的支付方式。

综上所述，员工离职时若还有补休未休完，单位应与员工协商处理，并遵循法律规定支付加班费或安排调休。若遇到单位拒绝协商或支付的情况，员工可以依法维护自己的权益。