老板通过微信发工资是合法的，但存在潜在的法律和税务风险。以下是对此问题的详细分析：
一. 合法性分析
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。该法条并未明确规定工资支付的具体形式，因此，微信转账作为货币支付的一种形式，在理论上并不违反法律规定。
- 《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规也规定，用人单位应当按时足额给员工发放工资，而发放工资的形式并没有具体规定。这意味着，只要双方达成约定，并且不违反法律法规，用人单位可以选择包括微信转账在内的各种方式发放工资。
合法性结论：
- 从法律层面来看，老板通过微信发工资是合法的，但前提是双方需在劳动合同中明确约定工资支付方式，或者劳动者同意并接受这种支付方式。
二. 潜在风险分析
税务风险：
- 隐瞒收入与偷逃税款：如果公司频繁使用微信支付工资，且未如实申报纳税，可能构成隐瞒收入、偷逃税款的违法行为。税务机关在核查时，若发现此类情况，将依法追究公司的法律责任。
- 税前扣除问题：通过微信转账支付的工资，可能无法取得合法的凭证以列支成本，相关款项无法在企业所得税申报时税前扣除，从而增加公司的税负。
证据保存与劳动关系证明：
- 证据保存：由于微信转账涉及到电子数据的保存和认证问题，劳动者在接收工资后应妥善保存转账记录，并确保其真实性和完整性。在发生劳动争议时，这些记录将作为重要证据支持劳动者的权益。
- 劳动关系证明：若公司仅通过微信转账支付工资，而未签订正式的劳动合同或提供其他劳动关系证明，可能在劳动争议中面临不利局面。劳动者应主动搜集并保存与用人单位存在劳动关系的证据，如工作记录、通讯记录、同事证言等。
公司内部财务管理风险：
- 财务混乱：长期使用微信转账发工资可能导致公司内部财务混乱，资金无法受到有效监管，不利于企业的长期发展。
- 公私不分：若老板频繁使用个人账户支付公司费用或工资，容易造成公私不分的情况。一旦公司出现资不抵债等财务问题，老板可能承担连带责任，用个人资产偿还公司债务。
三. 建议
优先使用银行转账：
- 合规性：银行转账作为传统的支付方式，具有合规性高、便于监管的特点。使用银行转账发工资可以确保公司履行代扣代缴个人所得税的义务，并避免因隐瞒收入而面临的税务风险。
- 证据保存：银行转账记录清晰明了，便于劳动者保存和作为证据使用。在发生劳动争议时，银行转账记录将作为有力证据支持劳动者的权益。
明确约定支付方式：
- 劳动合同约定：双方应在劳动合同中明确约定工资支付方式，并确保双方对支付方式达成一致意见。
- 口头约定确认：若双方未签订书面劳动合同或劳动合同中未明确约定支付方式，劳动者应与老板进行口头约定并录音或录像作为证据保存。
加强财务管理与监管：
- 建立健全财务管理制度：公司应建立健全财务管理制度，规范资金使用和支付流程，确保公司资金的安全和合规性。
- 加强内部监管：公司应加强内部监管力度，对资金使用情况进行定期审计和核查，及时发现并纠正违规行为。
总结：老板通过微信发工资是合法的，但存在潜在的税务、证据保存和财务管理风险。为避免这些风险，我建议公司优先使用银行转账等合规的支付方式发放工资，并在劳动合同中明确约定支付方式。同时，公司应加强财务管理和监管力度，确保公司资金的安全和合规性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。