擅自离职扣太多的公司不合法。接下来我将详细解释这一结论：
一、不合法的原因
违反劳动法规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 擅自离职虽然可能违反了公司的规章制度，但公司不能因此就无故扣除员工大量工资。如果公司仅仅因为员工擅自离职就扣钱，且没有合理依据和法律规定，这种做法是违法的。
扣钱需有合法依据：
- 公司扣钱必须有明确的法律依据或合同约定，如员工违反服务期约定、竞业限制或给公司造成经济损失等。
- 在没有这些合法依据的情况下，公司擅自扣钱是不合法的。
二、合法扣钱的情况
虽然擅自离职本身不应成为扣钱的理由，但在某些特定情况下，公司有权依法扣除相应款项：
员工违反服务期约定：
- 如果员工与公司签订了服务期协议，并在服务期未满时擅自离职，公司可以要求员工按约定支付违约金。
违反竞业限制约定：
- 如果员工与公司签订了竞业限制协议，在离职后违反该约定，公司有权要求员工支付违约金。
员工给公司造成经济损失：
- 如果员工在擅自离职过程中，因故意或重大过失给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
- 但这种情况下，扣钱也需遵循一定限制，即每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
三、员工权益保护
如果公司无正当理由扣除了员工的工资，员工可以通过以下途径维护自己的权益：
- 与公司协商解决：首先尝试与公司沟通，要求返还被扣款项。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门调查并处理。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果问题仍未解决，员工可以申请劳动仲裁或向法院提起诉讼，要求公司支付被扣除的工资及相应的赔偿。
综上所述，擅自离职扣太多的公司是不合法的。员工在遇到这种情况时，应了解自己的合法权益，并及时采取措施维护自身权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。