关于“签署协议一方公司主体不存在，法律如何认定”的问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

1. 合同无效的情形：

   • 如果在签署协议时，一方公司主体就已经不存在，例如是虚构的公司，那么这份合同通常会被认定为无效。因为合同主体是合同成立的基础，如果主体不适格，合同就无法有效成立。

2. 合同继续有效的情形及处理方式：

   • 如果是在签署协议后，公司主体才消灭，比如公司注销，那么合同的效力就需要根据合同的性质来判断。
     • 对于专属合同，即需要特定主体履行的合同，如果主体消灭，合同可能无法继续履行，从而可能导致合同终止。
     • 对于非专属合同，即合同义务不依赖于特定主体履行的合同，即使公司注销，合同仍然有效。此时，可以由继受主体或者按照法定程序处理权利义务，例如公司合并、分立后的主体承担原合同责任。

3. 法律依据：

   • 根据《民法典》的相关规定，当事人订立合同，应当具有相应的民事行为能力。合同主体不存在往往意味着无法满足这一条件，从而可能使合同被认定为无效。但具体情况还需根据合同的性质、约定以及法律的具体规定来综合判断。

综上所述，签署协议一方公司主体不存在时，合同的效力需要根据具体情况来判断。如果签约时主体就不存在，合同通常无效；如果签约后主体消灭，则要根据合同的性质来确定合同是否继续有效以及如何处理。如有进一步的法律问题或需要更详细的解释，请直接向我咨询。