在法人盖章的协议公司不追认的情况下，一般应由主张协议有效的一方承担举证责任，即需要证明法人盖章的行为是公司的真实意思表示，且公司应当对该行为负责。以下从不同角度进行详细分析：

一、举证责任的一般原则

在民事诉讼中，举证责任通常遵循“谁主张，谁举证”的原则。这意味着，如果一方主张某个事实存在，那么该方就需要提供证据来证明这个事实。在法人盖章的协议公司不追认的情境中，如果一方主张该协议对公司具有约束力，那么该方就需要证明法人盖章的行为是公司的真实意思表示，且公司应当对该行为负责。

二、具体举证内容

1. 法人盖章的真实性：

   • 主张协议有效的一方需要证明法人盖章是真实的，而非伪造或盗用。这通常可以通过提供盖章的原件、鉴定盖章的真伪等方式来实现。

2. 法人盖章的权限：

   • 主张协议有效的一方还需要证明盖章的法人具有代表公司签订协议的权限。这通常涉及公司章程、授权委托书等文件的审查，以确认法人是否被授权签订该协议。

3. 公司追认的可能性与事实：

   • 如果公司不追认该协议，主张协议有效的一方还需要尝试证明公司实际上已经以某种方式追认了该协议，或者公司追认该协议是合理的、可能的。例如，公司可能在实际履行协议中的部分义务，或者通过其他行为表明其接受该协议。然而，在公司明确表示不追认的情况下，这一点的证明难度较大。

三、公司不追认的法律后果

如果公司明确表示不追认法人盖章的协议，且主张协议有效的一方无法提供充分证据证明法人盖章是公司的真实意思表示且公司应当对该行为负责，那么该协议对公司通常不具有约束力。在这种情况下，公司无需承担协议中的义务，而主张协议有效的一方可能需要承担因协议无效而产生的法律后果。

四、特殊情况下的举证责任

在某些特殊情况下，举证责任可能会发生转移。例如，如果公司能够证明法人盖章的行为是法人个人行为，而非公司行为，且该行为未经公司授权或违反公司章程等规定，那么公司可能无需承担举证责任，而主张协议有效的一方则需要承担更重的举证责任来证明其主张。

五、建议与风险提示

1. 对于主张协议有效的一方：

   • 在签订协议前，应仔细审查法人的授权情况，确保法人具有代表公司签订协议的权限。
   • 在协议签订后，应妥善保管协议原件及相关证据，以备不时之需。
   • 如果公司不追认协议，应积极收集证据证明法人盖章是公司的真实意思表示且公司应当对该行为负责。

2. 对于公司：

   • 应建立健全的内部管理制度，明确法人的授权范围和权限，防止法人滥用职权签订对公司不利的协议。
   • 如果发现法人未经授权或违反公司规定签订协议，应及时采取措施否认该协议，并保留相关证据以备诉讼之需。

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