结论：公司实际经营人若不是法人也不是股东，其与公司签订协议时，需根据具体情况选择合适的协议类型，并确保协议内容合法、有效，同时建议采取一些额外的保障措施。

详细分析：

1. 协议类型的选择：

   • 劳动合同：如果实际经营人同时是公司员工，负责公司的日常经营管理，那么与公司签订劳动合同是合适的。劳动合同应明确双方的权利义务，包括工作内容、工作地点、工作时间、薪酬待遇等。
   • 委托经营协议：若实际经营人并非公司员工，而是受公司股东或法人的委托来经营公司，那么可以签订委托经营协议。该协议应详细规定委托经营的范围、期限、报酬、违约责任等条款。
   • 合作协议：如果实际经营人与公司之间存在合作关系，共同开展某项业务或项目，那么可以签订合作协议。合作协议应明确双方的合作方式、投资比例、利润分配、风险承担等事项。

2. 协议内容的合法性与有效性：

   • 无论选择哪种协议类型，都必须确保协议内容符合法律法规的规定，不违反公序良俗。
   • 协议中的条款应明确、具体，避免模糊不清或产生歧义。
   • 协议应由双方自愿签订，不存在欺诈、胁迫等情形。
   • 如果可能，建议对协议进行公证或律师见证，以增强其法律效力。

3. 额外保障措施：

   • 要求公司提供担保：为了降低风险，实际经营人可以要求公司提供一定的担保，如抵押、质押或保证等。这样，在协议履行过程中出现问题时，实际经营人可以通过行使担保权利来维护自己的权益。
   • 明确违约责任：在协议中明确约定违约责任，包括违约金、赔偿损失等。这样，在对方违约时，实际经营人可以依据协议要求对方承担相应的法律责任。
   • 保留相关证据：在协议履行过程中，实际经营人应妥善保管与协议相关的所有证据，如合同文本、付款凭证、沟通记录等。这些证据在发生纠纷时将起到至关重要的作用。

建议：

• 在签订协议前，建议实际经营人咨询专业律师，对协议内容进行审查，确保协议的合法性和有效性。
• 协议签订后，双方应严格按照协议约定履行各自的义务，避免产生不必要的纠纷。
• 如果在实际经营过程中遇到任何法律问题或纠纷，应及时向律师咨询并寻求帮助。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。