三方协议的补充协议可以只有两方签署，但其法律效力仅限于签署的两方，对未签署的第三方不产生约束力。

具体来说，三方协议是三个主体就某事项达成的约定，而补充协议则是对原协议内容的补充或变更。从法律角度看，合同遵循意思自治原则，只要不违反法律法规的强制性规定、不损害国家利益和社会公共利益，各方可自行决定协议内容与签署方式。因此，当原三方协议中的两方就某些事项需进一步约定，且该约定不涉及未参与补充协议的第三方权利义务时，这两方可以签订补充协议。此补充协议在签署的两方之间产生法律效力，但未签署的第三方不受其约束。

然而，如果补充协议的内容涉及第三方的权利义务，且未参与签署的第三方未明确表示同意，那么该补充协议中涉及第三方权利义务的条款可能对第三方不产生效力。因此，在签订补充协议前，应明确协议内容是否涉及第三方权益，必要时可与第三方沟通协商，以避免后续产生法律纠纷。

综上所述，三方协议的补充协议可以只有两方签署，但需注意其法律效力范围及可能涉及的第三方权益问题。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。