三方协议的补充协议通常不能只有两方。三方协议本质上涉及学校、毕业生和用人单位三方的权利和义务关系。补充协议，作为对原协议的进一步约定或变更，理应在三方共同参与和协商的基础上达成，以确保各方的意见得到充分表达，协议的内容符合各方的意愿和利益。

效力分析

1. 三方共同意思表示原则：

   • 三方合同的订立、变更等通常需要三方共同的意思表示一致。若只有两方签订补充协议，未经第三方同意，该补充协议原则上不能对第三方产生约束力。

2. 第三方追认原则：

   • 如果第三方后来知晓并明确表示认可补充协议的内容，那么该补充协议可以对三方均产生效力。

3. 不损害第三方利益原则：

   • 如果补充协议的内容不涉及对第三方权利义务的重大改变，且不损害第三方的利益，同时内容合法，那么该补充协议在两方之间可能是有效的，但这仍然需要具体情况具体分析。

具体情形

• 有效情况：例如，在一份建筑工程的三方合同中，如果两方签订的补充协议只是关于工程进度款支付时间的合理调整，并且这种调整不违反法律，也不损害第三方的利益（如工程监理方、材料供应商等），那么这样的补充协议在两方之间可能是有效的。但如果该调整影响了第三方的权益，且未获得其同意，则对第三方无效。

• 无效情况：在股权转让的三方合同中，如果两方签订的补充协议涉及股权转让价格及付款方式的变更，且这种变更会实质性影响第三方的优先购买权等重要权利，那么该补充协议在未获得第三方同意的情况下，对第三方是不产生效力的。

签订补充协议的注意事项

• 采用书面形式：确保补充协议的法律效力和证据效力，明确列出补充事项、具体条款、生效条件及期限等。
• 全面评估影响：在签订补充协议前，应全面评估该协议对各方权益的影响，特别是是否可能损害第三方的利益。
• 遵循法律法规：确保补充协议的内容不违反国家法律法规的强制性规定。

综上所述，三方协议的补充协议通常应由三方共同签订。如果只有两方签订补充协议，其效力将取决于多种因素，包括是否得到第三方的追认、是否损害第三方利益、以及是否基于双方真实意思表示等。因此，在实际操作中，应谨慎评估并遵循相关法律法规，以确保协议的合法性和有效性。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。